Mgr. Ing.

Karel Sedlář

FEKT, UBMI

+420 54114 6659
sedlar@feec.vutbr.cz

Odeslat VUT zprávu

Mgr. Ing. Karel Sedlář

Publikace

  • 2018

    SEDLÁŘ, K.; KOŠČOVÁ, P.; VASYLKIVSKA, M.; BRANSKÁ, B.; KOLEK, J.; KUPKOVÁ, K.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Transcription profiling of butanol producer Clostridium beijerinckii NRRL B-598 using RNA-Seq. BMC GENOMICS, 2018, roč. 19, č. 415, s. 1 (1 s.). ISSN: 1471-2164.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

  • 2017

    MADĚRÁNKOVÁ, D.; SEDLÁŘ, K.; VÍTEK, M.; ŠKUTKOVÁ, H. The identification of replication origin in bacterial genomes by cumulated phase signal. In 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB). IEEE, 2017. s. 1-5. ISBN: 978-1-4673-8988-4.
    Detail | WWW

    JUGAS, R.; SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M. Overlap detection for a genome assembly based on genomic signal processing. In 2017 IEEE 30th International Symposium on Computer-Based Medical Systems. Proceedings of the ... IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems. USA: IEEE Computer Society, 2017. s. 301-305. ISBN: 978-1-5386-1710-6. ISSN: 2372-9198.
    Detail | WWW

    KOŠČOVÁ, P.; SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Tertiary Structure Prediction of Potential Efflux-Pump Protein in Clostridium beijerinckii NRRL B-598. In Proceedings of the 5th International Conference on Chemical Technology. 1. Praha: Ocean Design, 2017. s. 26-30. ISBN: 978-80-86238-62-3.
    Detail | WWW

    PATÁKOVÁ, P.; KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; KOŠČOVÁ, P.; BRANSKÁ, B.; KUPKOVÁ, K.; PAULOVÁ, L.; PROVAZNÍK, I. Comparative analysis of high butanol tolerance and production in clostridia. BIOTECHNOLOGY ADVANCES, 2017, roč. 35, č. 8, s. 1-38. ISSN: 0734-9750.
    Detail

    KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; SEDLÁŘ, K.; HON, J.; MARTÍNEK, T.; ZENDULKA, J. Visualization of Nanopore Sequencing Data in Metagenomics. Praha: 2017. s. 1 (1 s.).
    Detail | WWW

    KOLEK, J.; DIALLO, M.; LOPEZ-CONTRERAS, A.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Gene expression of sporulation factors in Clostridium beijerinckii during solventogenesis. Biotech 2017 and 7th czech-swiss symposium with Exhibition Book of Abstracts. first. Praha: 2017. s. 49-49. ISBN: 978-80-7080-989-1.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; KOŠČOVÁ, P.; KUPKOVÁ, K.; VASYLKIVSKA, M.; BRANSKÁ, B.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Genome mining for biorefinery use. Biotech 2017 and 7th czech-swiss symposium with Exhibition Book of Abstracts. first. Praha: 2017. s. 48-48. ISBN: 978-80-7080-989-1.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; BRANSKÁ, B.; KUPKOVÁ, K.; KOŠČOVÁ, P.; KOLEK, J.; VASYLKIVSKA, M.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Analysis of Clostridium beijerinckii NRRL B-598 coding regions using RNA-Seq data of a closely related strain. In Proceedings of the 5th International Conference on Chemical Technology. 1. Praha: Ocean Design, 2017. s. 87-91. ISBN: 978-80-86238-62-3.
    Detail | WWW

    SEDLÁŘ, K.; KOLEK, J.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Reclassification of non-type strain Clostridium pasteurianum NRRL B-598 as Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Journal of Biotechnology, 2017, roč. 244, č. 1, s. 1-3. ISSN: 0168-1656.
    Detail | WWW

    KOLEK, J.; DIALLO, M.; VASYLKIVSKA, M.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; LOPEZ-CONTRERAS, A.; PATÁKOVÁ, P. Comparison of expression of key sporulation, solventogenic and acetogenic genes in C. beijerinckii NRRL B-598 and its mutant strain overexpressing spo0A. Applied Microbiology and Biotechnology, 2017, roč. 101, č. 22, s. 8279-8291. ISSN: 1432-0614.
    Detail

    KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Reference-free Identification of Phage DNA Using Signal Processing on Nanopore Data. In 2017 IEEE 17th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2017. Washington DC: Conference Publishing Services, 2017. s. 101-105. ISBN: 978-1-5386-1324-5.
    Detail

    PATÁKOVÁ, P.; PAULOVÁ, L.; BRANSKÁ, B.; KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Microbial production required metabolites plant/animal biorefinery. Biotech 2017 and 7th czech-swiss symposium with Exhibition Book of Abstracts. first. Praha: 2017. s. 44-44. ISBN: 978-80-7080-989-1.
    Detail

  • 2016

    SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. Bioinformatics strategies for taxonomy independent binning and visualization of sequences in shotgun metagenomics. Computational and Structural Biotechnology Journal, 2016, roč. 15, č. 1, s. 48-55. ISSN: 2001-0370.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Correlated Mutation Analysis Improvement by, Proteomic Signal Processing. In Sborník příspěvků studentské konference Blansko 2016. Brno: 2016. s. 47-50. ISBN: 978-80-214-5389- 0.
    Detail | WWW

    LORENCOVÁ, A.; KAEVSKA, M.; VÍDEŇSKÁ, P.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; TRČKOVÁ, M. Effect of sodium humate and zinc oxide on health status and faecal bacterial communities in weaned piglets. In Proceedings of 12th International Scientific Conference on Animal Physiology. 2016. s. 171-176. ISBN: 978-80-7509-416- 2.
    Detail

    KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Development of Methods for Genetic Manipulation of Solventogenic, Non- Type Strain Clostridium Pasteurianum. 4. mezinárodní chemicko- technologická konference SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: 2016. s. 1 (1 s.). ISBN: 978-80-86238-91- 3.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Taxonomy and Phylogeny of Industrial Solvent-Producing Clostridia on a Genome-Wide Scale. 4. mezinárodní chemicko-technologická konference SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: 2016. s. 1 (1 s.). ISBN: 978-80-86238-91-3.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; KUPKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I. Rychlá deterministická vizualizace shotgun metagenomických dat. Konferenční sborník ENBIK2016. 1. 2016. s. 11-11. ISBN: 978-80-7080-960-0.
    Detail

    KUPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Multidimensional Correlated Mutation Analysis for Protein Contact Map Prediction. In Information Technologies in Medicine, 5th International Conference, ITIB 2016 Kamień Śląski, Poland, June 20 - 22, 2016 Proceedings, Volume 2. Advances in Intelligent Systems and Computing. Německo: Springer International Publishing, 2016. s. 133-144. ISBN: 9783319399034. ISSN: 2194-5357.
    Detail

    KAEVSKA, M.; VÍDEŇSKÁ, P.; SEDLÁŘ, K.; BARTEJSOVÁ, I.; KRÁLOVÁ, A.; SLANÁ, I. Faecal bacterial composition in dairy cows shedding Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in faeces in comparison to non- shedding cows. CANADIAN JOURNAL OF MICROBIOLOGY, 2016, roč. 1, č. 1, s. 1-5. ISSN: 0008-4166.
    Detail | WWW

    KAEVSKA, M.; LORENCOVÁ, A.; VÍDEŇSKÁ, P.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; TRČKOVÁ, M. Effect of sodium humate and zinc oxide used in prophylaxis of post- weaning diarrhoea on faecal microbiota composition in weaned piglets. Veterinární medicína, 2016, roč. 61, č. 6, s. 328-336. ISSN: 0375-8427.
    Detail

    KAEVSKA, M.; VÍDEŇSKÁ, P.; SEDLÁŘ, K.; SLANÁ, I. Seasonal changes in microbial community composition in river water studied using 454- pyrosequencing. SpringerPlus, 2016, roč. 5, č. 409, s. 1-8. ISSN: 2193-1801.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Dam and Dcm methylations prevent gene transfer into Clostridium pasteurianum NRRL B-598: development of methods for electrotransformation, conjugation, and sonoporation. BIOTECHNOL BIOFUELS, 2016, roč. 9, č. 1, s. 1-14. ISSN: 1754- 6834.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    SEDLÁŘ, K.; VÍDEŇSKÁ, P.; ŠKUTKOVÁ, H.; RYCHLÍK, I.; PROVAZNÍK, I. Bipartite Graphs for Visualization Analysis of Microbiome Data. EVOLUTIONARY BIOINFORMATICS, 2016, roč. 12, č. S1, s. 17-23. ISSN: 1176-9343.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    SEDLÁŘ, K. Signal Based Feature Selection for Fast Classification of Sequences in Metagenomics. In Proceedings of the 22nd Conference STUDENT EEICT 2016. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních, 2016. s. 558-562. ISBN: 978-80-214-5350- 0.
    Detail

  • 2015

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; PROVAZNÍK, I. Set of rules for genomic signal downsampling. COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE, 2015, roč. 64, č. p1, s. 1-7. ISSN: 0010- 4825.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Bacterial Genome Assembly in Biotechnology: Clostridium Pasteurianum NRRL B- 598 Genome. 3. mezinárodní chemicko- technologická konference, SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. Mikulov: Academic and Medical Conference Agency, 2015. s. 1 (1 s.). ISBN: 978-80-86238-73- 9.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; KOLEK, J.; ŠKUTKOVÁ, H.; BRANSKÁ, B.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Complete genome sequence of Clostridium pasteurianum NRRL B-598, a non- type strain producing butanol. Journal of Biotechnology, 2015, roč. 214, č. 1, s. 113-114. ISSN: 0168- 1656.
    Detail

    RYCHLÍK, I.; GERŽOVÁ, L.; BABÁK, V.; SEDLÁŘ, K.; FALDYNOVÁ, M.; VÍDEŇSKÁ, P.; ČEJKOVÁ, D. Výskyt genů pro rezistence k antibiotikům u bakteriální mikroflóry vod akvarijních ryb po importu do České republiky. Veterinářství. Profi Press, s.r.o. GJ, 2015, roč. 2015, č. 10, s. 784-787. ISSN: 0506-8231.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍDEŇSKÁ, P.; RYCHLÍK, I.; PROVAZNÍK, I. Bipartite Graphs for Metagenomic Data Analysis and Visualization. In Proceedings 2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2015). 1. Washington D.C.: IEEE, 2015. s. 1123-1128. ISBN: 978-1-4673-6798- 1.
    Detail

    GERŽOVÁ, L.; BABÁK, V.; SEDLÁŘ, K.; FALDYNOVÁ, M.; VÍDEŇSKÁ, P.; ČEJKOVÁ, D.; NYGAARD JENSEN, A.; DENIS, M.; KEROUANTON, A.; RICCI, A.; CIBIN, V.; ÖSTERBERG, J.; RYCHLÍK, I. Characterization of antibiotic resistance gene abundance and microbiota composition in feces of organic and conventional pigs from four EU countries. PLOS ONE, 2015, roč. 10, č. 7, s. 1-10. ISSN: 1932-6203.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. Progressive alignment of genomic signals by multiple dynamic time warping. Journal of Theoretical Biology, 2015, roč. 2015, č. 385, s. 20-30. ISSN: 0022- 5193.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    SNOPKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; BOSÁK, J.; CHALOUPKOVÁ, E.; PROVAZNÍK, I.; ŠMAJS, D. Complete genome sequence of Pragia fontium 24613, an environmental bacterium from the family Enterobacteriaceae. Genome Announcements, 2015, roč. 3, č. 4, s. e00740- 15 ( s.)ISSN: 2169-8287.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

  • 2014

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Bioinformatics for biotechnology research: data mining of Clostridium pasteurianum genome. BioTech 2014 and 6th Czech- Swiss Symposium with Exhibition Book of Abstracts. 1. Praha: Institute of Chemical Technology Prague, 2014. s. 64-64. ISBN: 978-80-7080-887- 0.
    Detail

    VÍDEŇSKÁ, P.; RAHMAN, M.; FALDYNOVÁ, M.; BABÁK, V.; MATULOVÁ, M.; PRUKNER-RADOVCIC, E.; KŘÍŽEK, I.; SMOLE-MOZINA, S.; KOVAC, J.; SZMOLKA, A.; NAGY, B.; SEDLÁŘ, K.; ČEJKOVÁ, D.; RYCHLÍK, I. Characterization of Egg Laying Hen and Broiler Fecal Microbiota in Poultry Farms in Croatia, Czech Republic, Hungary and Slovenia. PLOS ONE, 2014, roč. 9, č. 10, s. e110076 (e110076 s.)ISSN: 1932- 6203.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    VÍDEŇSKÁ, P.; SEDLÁŘ, K.; LUKAC, M.; FALDYNOVÁ, M.; GERŽOVÁ, L.; ČEJKOVÁ, D.; ŠIŠÁK, F.; RYCHLÍK, I. Succession and Replacement of Bacterial Populations in the Caecum of Egg Laying Hens over Their Whole Life. PLOS ONE, 2014, roč. 9, č. 12, s. 1-14. ISSN: 1932- 6203.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; BRANSKÁ, B.; ŠKUTKOVÁ, H.; LINHOVÁ, M.; PROVAZNÍK, I.; MELZOCH, K.; PATÁKOVÁ, P. Clostridium pasteurianum NRRL B-598 Phenotype Matching Genotype?. Clostridium XIII book of abstracts. Shangai, China: 2014. s. 69-69.
    Detail | WWW

    KOLEK, J.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Draft Genome Sequence of Clostridium pasteurianum NRRL B-598, a Potential Butanol or Hydrogen Producer. Genome Announcements, 2014, roč. 2, č. 2, s. 1-2. ISSN: 2169-8287.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; VÍTEK, M.; PROVAZNÍK, I. Prokaryotic DNA Signal Downsampling for Fast Whole Genome Comparison. Advances in Intelligent Systems and Computing, 2014, roč. 283, č. 6, s. 373-383. ISSN: 2194- 5357.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I. LTRFIND: A Novel Algorithm for Human de novo LTR Retrotransposons Identification. In Proceedings of the 20th Conference STUDENT EEICT 2014. Brno: LITERA, 2014. s. 242-246. ISBN: 978-80-214-4924- 4.
    Detail

    GERŽOVÁ, L.; VÍDEŇSKÁ, P.; FALDYNOVÁ, M.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; ČÍŽEK, A.; RYCHLÍK, I. Characterization of Microbiota Composition and Presence of Selected Antibiotic Resistance Genes in Carriage Water of Ornamental Fish. PLOS ONE, 2014, roč. 9, č. 8, s. e103865 (e103865 s.)ISSN: 1932-6203.
    Detail | WWW | Plný text v Digitální knihovně

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; KOLEK, J.; PATÁKOVÁ, P.; PROVAZNÍK, I. Identification and Characterization of Sol Operon in Clostridium Pasteurianum NRRL B- 598 Genome. In 2. mezinárodní chemicko-technologická konference, SBORNÍK ABSTRAKT A PLNÝCH TEXTŮ. 1. Mikulov: 2014. s. 1-5. ISBN: 978-80-86238-61- 6.
    Detail

  • 2013

    SEDLÁŘ, K. Klasifikace prokaryotických organismů založená na komprimovaných celogenomových signálech. In Sborník z konference: Student EEICT 2013. Brno: VUT Brno, 2013. s. 185-187. ISBN: 978-80-214-4694- 6.
    Detail

    DOSTÁLEK, P.; KVASNIČKA, J.; CEJNAR, R.; VOHÁNKA, J.; MOKREJŠ, M.; HÁJKOVÁ, J.; BOBČÍKOVÁ, P.; BRÁNYIK, T.; MELZOCH, K.; SEDLÁŘ, K. Sekvenace genomu spodní pivovarské kvasinky. Kvasný průmysl, 2013, roč. 59, č. 10- 11, s. 313-316. ISSN: 0023- 5830.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; PROVAZNÍK, I. Compressed DNA signal representation for classification of long sequences. In XIII pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. 1. Brno: LITERA BRNO, 2013. s. 135-136. ISBN: 978-80-7375-757- 1.
    Detail

  • 2012

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H. Predikce sekundární struktury proteinů pomocí neuronové sítě. In Sborní z konference: Student EEICT 2012. Brno: VUT Brno, 2012. s. 1-3. ISBN: 978-80-214-4462- 1.
    Detail

  • 2011

    SEDLÁŘ, K.; ŠKUTKOVÁ, H. Bootstrap consensus tree in phylogeny reconstruction. In Sborník soutěže Student EEICT 2011. Brno: VUT v Brně, 2011. s. 130-132. ISBN: 978-80-214-4271- 9.
    Detail

    SEDLÁŘ, K.; SMERKOVÁ, K.; ŠKUTKOVÁ, H.; SOCHOR, J.; ADAM, V.; PROVAZNÍK, I.; KIZEK, R. DPPH aqueous antioxidant assay solution. In XI. Pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. Brno: 2011. s. 250-254. ISBN: 978-80-7375-514- 0.
    Detail

*) Citace publikací se generují jednou za 24 hodin.