Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Ústav počítačových systémů (UPSY)

Studenti budou schopni pracovat s rozsáhlými databázemi biologických dat a navrhovat nové efektivní algoritmy pro jejich analýzu.
Pochopení vztahu mezi počítači a vybranými molekulárními procesy.

• Jacques Cohen: Bioinformatics - An introduction for Computer Scientists, ACM Computing Surveys, 2004, Vol. 36, No. 2, p. 122-158.
• Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame: Bioinformatics for Dummies, ISBN: 0-7645-1696-5, Wiley Publishing, Inc., 2003.
• Yi-Ping Phoebe Chen: Bioinformatics Technologies, ISBN: 3540208739, Springer, 2005.
• Alberts, Bray, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, Walter: Základy buněčné biologie, ISBN: 80-902906-0-4, Espero Publishing, 1998.

• Dan K. Krane, Michael L. Raymer: Fundamental Concepts of Bioinformatics, ISBN: 0-8053-4633-3, Benjamin Cummings 2003.
• Fatima Cvrčková: Úvod do praktické bioinformatiky, ISBN: 80-200-1360-1, Academia, 2006.
• Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, ISBN: 0262101068, MIT Press, 2004.
• Andreas D. Baxevanis, B. F. Francis Ouellette: Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, ISBN: 0-471-47878-4, Wiley-Interscience, 2005.

Půlsemestrální zkouška, projekt, úkol z počítačového cvičení.
Podmínky zápočtu:
Nejsou.

čeština

Osnova přednášek:

1. Úvod do bioinformatiky
2. Základy molekulární biologie z pohledu informatiky
3. Nástroje molekulární biologie
4. Databáze biologických dat
5. Zarovnání sekvencí, dynamického programování, BLAST, FASTA
6. Evoluční modely
7. Konstrukce fylogenetických stromů
8. Sestavování fragmentů DNA
9. Genomika a rozpoznávání genů
10. Proteiny a predikce jejich struktury
11. Výpočet sekundární struktury RNA
12. Proteomika, regulační sítě
13. Polymorfizmus genů a diverzita

Osnova počítačových cvičení:

1. Databáze biologických dat
2. Zarovnání sekvencí
3. Konstrukce fylogenetických stromů
4. Analýza struktury proteinů

Osnova ostatní - projekty, práce:
Studenti vypracují projekt související s tematikou předmětu. Hodnotit se bude realizace, prezentace a dokumentace projektu.

Porozumět základním principům v oblasti molekulární biologie z pohledu informatiky. Obdržet znalosti o používaných výpočetním algoritmech a přístupech. Získat schopnost navrhovat nové efektivní metody pro analýzu biologických dat.

Výuka není povinná, v případě nepřítomnosti v laboratořích lze nahradit ztrátu bodů následujícím způsobem: 

1. přijít do jiné skupiny, ve které se probírá ta samá laboratorní úloha. 
2. na následující laboratoři cvičícímu krátce předvést výsledky ze zameškané laboratoře. 
3. zaslat  cvičícímu do 14 dní zaslat krátký protokol sumarizující výsledky zameškané laboratoře a obsahující odpovědi na otázky ze zadání.

• Program IT-MGR-2 magisterský navazující

  obor MBS , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MIS , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MIN , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MMM , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MGM , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MPV , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MSK , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný
  obor MBI , 1. ročník, letní semestr, 5 kreditů, povinný
  

14 hod., povinná

Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Studenti vypracují projekt související s tematikou předmětu. Hodnotit se bude realizace, prezentace a dokumentace projektu.

eLearning: aktuální otevřený kurz