Detail publikace
Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA
MADĚRÁNKOVÁ, D. PROVAZNÍK, I.
Originální název
Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA
Anglický název
Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA
Typ
článek ve sborníku ve WoS nebo Scopus
Jazyk
čeština
Originální abstrakt
Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.
Anglický abstrakt
Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.
Klíčová slova
Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita
Klíčová slova v angličtině
Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita
Autoři
MADĚRÁNKOVÁ, D.; PROVAZNÍK, I.
Rok RIV
2013
Vydáno
3. 7. 2013
ISBN
978-80-8086-208-4
Kniha
Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013
Strany od
1
Strany do
3
Strany počet
3
BibTex
@inproceedings{BUT102049,
author="Denisa {Maděránková} and Valentýna {Provazník}",
title="Identifikace organismů pomocí nukleotidové denzitní analýzy mitochondriální DNA",
booktitle="Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013",
year="2013",
pages="1--3",
isbn="978-80-8086-208-4"
}