Detail publikace

Klasifikace druhů do vyšších taxonů na základě analýzy DNA barcode - příklad na ptácích

MADĚRÁNKOVÁ, D. PROVAZNÍK, I.

Originální název

Classification of species to higher taxa based on analysis of DNA barcodes - a bird example

Český název

Klasifikace druhů do vyšších taxonů na základě analýzy DNA barcode - příklad na ptácích

Anglický název

Classification of species to higher taxa based on analysis of DNA barcodes - a bird example

Typ

článek ve sborníku

Jazyk

en

Originální abstrakt

DNA barcoding based on mitochondrial gene analysis is a modern method for species identification. We tested three variations of a novel method for species classifica-tion into families and orders based on the nucleotide density of the mtDNA barcode. We verified the methods on datasets of bird barcode sequences. The reference database of species families was created from South American bird species. North American, European, and Asian birds of the same families but mostly different species were classified effectively nearly 88.13 percent into families and 99.51 percent into orders in best case for the third variation of the method.

Český abstrakt

DNA čárových kódů na základě mitochondriální genové analýzy je moderní metoda pro identifikaci druhů. Testovali jsme tři varianty nového způsobu pro druhy, klasifikace-ních do rodiny a objednávky na základě nukleotidů hustotě čárového kódu mtDNA. Ověřili jsme o metodách kolekcích sekvencí čárových kódů ptačích. Referenční databáze druhů rodin vznikl z druhů ptáků Jižní Ameriky. Severoamerických, evropských a asijských ptáků stejných rodinách, ale hlavně různými druhy byly klasifikovány efektivně téměř 88,13 procenta na 99,51 procenta rodin a do objednávek v nejlepším případě o třetí změnu metody.

Anglický abstrakt

DNA barcoding based on mitochondrial gene analysis is a modern method for species identification. We tested three variations of a novel method for species classifica-tion into families and orders based on the nucleotide density of the mtDNA barcode. We verified the methods on datasets of bird barcode sequences. The reference database of species families was created from South American bird species. North American, European, and Asian birds of the same families but mostly different species were classified effectively nearly 88.13 percent into families and 99.51 percent into orders in best case for the third variation of the method.

Klíčová slova

DNA čárový kód, klasifikace druhů

Rok RIV

2013

Vydáno

10.06.2013

Místo

Tampere

ISBN

978-952-15-3092-0

Kniha

The 10th International Workshop on Computational Systems Biology

Strany od

75

Strany do

79

Strany počet

5

BibTex


@inproceedings{BUT101868,
  author="Denisa {Maděránková} and Ivo {Provazník}",
  title="Classification of species to higher taxa based on analysis of DNA barcodes - a bird example",
  annote="DNA barcoding based on mitochondrial gene analysis is a modern method for species identification. We tested three variations of a novel method for species classifica-tion into families and orders based on the nucleotide density of the mtDNA barcode. We verified the methods on datasets of bird barcode sequences. The reference database of species families was created from South American bird species. North American, European, and Asian birds of the same families but mostly different species were classified effectively nearly 88.13 percent into families and 99.51 percent into orders in best case for the third variation of the method.",
  booktitle="The 10th International Workshop on Computational Systems Biology",
  chapter="101868",
  howpublished="electronic, physical medium",
  year="2013",
  month="june",
  pages="75--79",
  type="conference paper"
}