Detail publikace

Komprese DNA signálů pro klasifikaci dlouhých sekvencí

SEDLÁŘ, K. ŠKUTKOVÁ, H. PROVAZNÍK, I.

Originální název

Compressed DNA signal representation for classification of long sequences

Český název

Komprese DNA signálů pro klasifikaci dlouhých sekvencí

Anglický název

Compressed DNA signal representation for classification of long sequences

Typ

článek ve sborníku

Jazyk

en

Originální abstrakt

The whole genome sequencing became standard part of nucleic acids' research due to the development of next-generation sequencing platforms. However, an algorithmic processing of long sequences is computationally demanding. We present a new method for lossy compression of DNA in a form of cumulative phase signals. This compression is convenient for comparison of various sequences in short time.

Český abstrakt

Sekvenování celých genomů se stalo standartní součástí výzkumu nukleových kyselin díky sekvenačních technologiím nové generace. Bohužel zpracování celogenomových sekvencí je výpočetne náročné. Práce prezentuje novou metodu pro ztrátovou kompresi DNA kumulované fáze. Je vhodná ke klasifikaci dlouhých sekvencí v krátkém čase.

Anglický abstrakt

The whole genome sequencing became standard part of nucleic acids' research due to the development of next-generation sequencing platforms. However, an algorithmic processing of long sequences is computationally demanding. We present a new method for lossy compression of DNA in a form of cumulative phase signals. This compression is convenient for comparison of various sequences in short time.

Klíčová slova

kumulovaná fáze, DNA, komprese, dlouhá sekvence

Rok RIV

2013

Vydáno

29.05.2013

Nakladatel

LITERA BRNO

Místo

Brno

ISBN

978-80-7375-757-1

Kniha

XIII pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků

Edice

1.

Číslo edice

1.

Strany od

135

Strany do

136

Strany počet

2

BibTex


@inproceedings{BUT101200,
  author="Karel {Sedlář} and Helena {Škutková} and Ivo {Provazník}",
  title="Compressed DNA signal representation for classification of long sequences",
  annote="The whole genome sequencing became standard part of nucleic acids' research due to the development of next-generation sequencing platforms. However, an algorithmic processing of long sequences is computationally demanding. We present a new method for lossy compression of DNA in a form of cumulative phase signals. This compression is convenient for comparison of various sequences in short time.",
  address="LITERA BRNO",
  booktitle="XIII pracovní setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků",
  chapter="101200",
  edition="1.",
  howpublished="print",
  institution="LITERA BRNO",
  year="2013",
  month="may",
  pages="135--136",
  publisher="LITERA BRNO",
  type="conference paper"
}