Detail předmětu
Systémová biologie
FEKT-MPC-SYSAk. rok: 2018/2019
Předmět je orientován na získání znalostí o metodách systémové biologie, tvorbě modelů buněčných organismů a možnostech jejich využití. Zaměřuje se na studium počítačových metod popisu chování živých organismů na molekulární úrovni využitelných v buněčné biologii, biochemii a biotechnologii.
Uvažované modely jsou reprezentovány rozsáhlými síťovými grafy. Důraz je kladen na metodologii analýzy těchto modelů, a to jak analýzu statickou, tak analýzu dynamickou, především kvantitativní pomocí ODE modelů. Je postupováno podle konceptu hierarchie, přičemž jsou prezentovány všechny vrstvy od genových regulačních sítí, přes signální dráhy až po metabolické sítě. Tyto modely jsou ilustrovány na systémech konkrétních organizmů, převážně jednobuněčných.
Garant předmětu
Zajišťuje ústav
Výsledky učení předmětu
Absolvent předmětu je schopen:
- matematicky popsat hlavní komponenty genové exprese
- matematicky popsat hlavní komponenty signálních drah
- matematicky popsat hlavní komponenty neuronových sítí
- analyzovat síťové grafy pomocí síťových motivů
- vyjmenovat hlavní síťové motivy transkripčních sítí, sítí signálních drah a nervové soustavy
- vysvětlit principy hlavních síťových motivů transkripčních sítí, sítí signálních drah a nervové soustavy
- popsat experimentální metody v systémvé biologii
Prerekvizity
Student, který si zapíše tento předmět by měl být schopen popsat buněčný systém, jeho hlavní komponenty z hlediska složení a funkce; dále analyzovat systémy obyčejných diferenciálních rovnic a aplikovat základní znalosti z oblasti pravděpodobnostních rozložení náhodných veličin a kombinatoriky. Obecně jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia.
Doporučená nebo povinná literatura
Konopka, A.K. Systems Biology: Principles, Methods, and Concepts. CRC, 2006, ISBN: 978-0824725204 (EN)
Klipp, E., Liebermeister, W., Wierling, C., Kowald, A., Lehrach, H., Herwig, R. Systems Biology: A Textbook. Wiley, 2009. ISBN: 978-3-527-31874-2 (EN)
Alon, U: An Introduction to Systems Biology, Design Principles of Biological Circuits. CRC, 2007, ISBN: 1-58488-642-0 (EN)
Rosypal, S. Nový přehled biologie. Scientia, Praha 2003. ISBN 80-7183-268-5 (CS)
Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody
Metody vyučování zahrnují přednášky a cvičení na počítači. Předmět využívá e-learning (Moodle).
Způsob a kritéria hodnocení
až 22 bodů za cvičení
až 78 bodů za zkoušku.
Zkouška je písemnou formou.
Jazyk výuky
čeština
Osnovy výuky
1. Vymezení oboru systémové biologie, top-down a bottom-up přístupy
2. Biologický úvod, statická vs. dynamická analýza, princip hierarchie
3. Databáze pro systémovou biologii, modelové organismy
4. Kinetika chemických reakcí, princip dynamické analýzy
5. Transkripční sítě, princip statické analýzy
6. Síťové motiv negativní autoregulace
7. Síťové motivy typu FFL
8. Síťové motivy typu SIM, zobecněné motivy FFL, DOR
9. Signální transdukční dráhy, intercelulární komunikace
10. Vícevrstvé síťové motivy, motivy v developmentálních sítích
11. Profilování genové exprese, genová ontologie a statisticky významné geny
12. Parametrizace modelů a estimace parametrů
13. Experimentální metody systémové biologie – microarrays, RNA-seq
Cíl
Cílem předmětu je poskytnout studentům základní orientaci v oblasti využití počítačových modelů v buněčné biologii a způsobu jejich využití a zvládnutí metod analýzy modelů pro systémovou biologii.
Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky
Laboratorní výuka je povinná, řádně omluvené zmeškané laboratorní cvičení lze po domluvě s vyučujícím nahradit (obvykle v zápočtovém týdnu)
Zařazení předmětu ve studijních plánech
- Program MPC-BTB magisterský navazující, 1. ročník, letní semestr, 5 kreditů, povinný