Detail předmětu

Systémová biologie

FEKT-FSYSAk. rok: 2018/2019

Předmět je orientován na získání znalostí o metodách systémové biologie, tvorbě modelů buněčných organismů a možnostech jejich využití. Zaměřuje se na studium počítačových metod popisu chování živých organismů na molekulární úrovni využitelných v buněčné biologii a biochemii.
Uvažované modely jsou reprezentovány rozsáhlými síťovými grafy. Důraz je kladen na metodologii analýzy těchto modelů, založené na síťových motivech. Teorie síťových grafů je aplikována na modely sensorických a developmentálních transkripčních sítí, modely signálních drah a modely nervové soustavy. Tyto modely jsou ilustrovány na systémech konkrétních organizmů, převážně jednobuněčných.

Výsledky učení předmětu

Absolvent předmětu je schopen:
- matematicky popsat hlavní komponenty genové exprese
- matematicky popsat hlavní komponenty signálních drah
- matematicky popsat hlavní komponenty neuronových sítí
- analyzovat síťové grafy pomocí síťových motivů
- vyjmenovat hlavní síťové motivy transkripčních sítí, sítí signálních drah a nervové soustavy
- vysvětlit principy hlavních síťových motivů transkripčních sítí, sítí signálních drah a nervové soustavy
- popsat experimentální metody v systémvé biologii

Prerekvizity

Student, který si zapíše tento předmět by měl být schopen popsat buněčný systém, jeho hlavní komponenty z hlediska složení a funkce; dále analyzovat systémy obyčejných diferenciálních rovnic a aplikovat základní znalosti z oblasti pravděpodobnostních rozložení náhodných veličin a kombinatoriky. Obecně jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia.

Doporučená nebo povinná literatura

Klipp, E., Liebermeister, W., Wierling, C., Kowald, A., Lehrach, H., Herwig, R. Systems Biology: A Textbook. Wiley, 2009. ISBN: 978-3-527-31874-2 (EN)
Konopka, A.K. Systems Biology: Principles, Methods, and Concepts. CRC, 2006, ISBN: 978-0824725204 (EN)
Alon, U: An Introduction to Systems Biology, Design Principles of Biological Circuits. CRC, 2007, ISBN: 1-58488-642-0 (EN)
Rosypal, S. Nový přehled biologie. Scientia, Praha 2003. ISBN 80-7183-268-5 (CS)

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování zahrnují přednášky a cvičení na počítači. Předmět využívá e-learning (Moodle).

Způsob a kritéria hodnocení

až 22 bodů za cvičení
až 78 bodů za zkoušku.
Zkouška je písemnou formou.

Jazyk výuky

čeština

Osnovy výuky

1. Vymezení oboru systémové biologie, vztah k příbuzným oborům
2. Biologický úvod, modelové organismy
3. Kinetika chemických reakcí
4. Transkripční sítě
5. Síťové motiv negativní autoregulace
6. Síťové motivy typu FFL
7. Síťové motivy typu SIM, zobecněné motivy FFL, DOR
8. Developmentální transkripční sítě, síťové motivy signálních drah
9. Model chemotaxe escherichie coli
10. Vícevrstvé síťové motivy, síťové motivy neuronových sítí
11. Principy omezení chybovosti genové exprese
12. Experimentální metody systémové biologie - optické metody
13. Experimentální metody systémové biologie - metody NMR a ultrasonografie

Cíl

Cílem předmětu je poskytnout studentům základní orientaci v oblasti využití počítačových modelů v buněčné biologii a způsobu jejich využití a zvládnutí metod analýzy modelů pro systémovou biologii.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Laboratorní výuka je povinná, řádně omluvené zmeškané laboratorní cvičení lze po domluvě s vyučujícím nahradit (obvykle v zápočtovém týdnu)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program IT-MGR-2 magisterský navazující

    obor MBI , libovolný ročník, letní semestr, 5 kreditů, volitelný

  • Program BTBIO-F magisterský navazující

    obor F-BTB , 1. ročník, letní semestr, 5 kreditů, povinný

  • Program EEKR-CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor ET-CZV , 1. ročník, letní semestr, 5 kreditů, povinný

Typ (způsob) výuky

 

Přednáška

26 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

Cvičení na poč.

26 hod., povinná

Vyučující / Lektor