Publication detail

Číslicové zpracování genomických signálů pro klasifikaci rostlin

JUGAS, R.

Original Title

Číslicové zpracování genomických signálů pro klasifikaci rostlin

English Title

Digital Signal Processing for Genome Classification of Plants

Type

conference paper

Language

Czech

Original Abstract

Numerické reprezentace DNA sekvence prošly v posledních několika letech výrazným rozvojem. Existuje větší množství technik, které produkují signály s různými vlastnostmi. V této práci prezentujeme konstrukci dendrogramů pro tři různé signálové reprezentace a srovnání těchto dendrogramů s metodou založenou na vícenásobném znakovém zarovnání. Klasifikace signal je provedena jako shluková analýzay založená na Euklidovské metrice vzdáleností všech dvojic signal zarovnaných pomocí dynamického borcení časové osy.

English abstract

Numerical representations of DNA sequence underwent a significant development during last few years. Nevertheless, there are several techniques producing signals with various features. In this work, we present dendrogram construction for three different signal representations and its comparison with standard method based on multiple alignment of character sequences. Signal classification is performed as a cluster analysis using Euclidian metrics measuring pairwise distance between all pairs of signals aligned using dynamic time warping.

Keywords

klasifikace, DNA signál, dtw

Key words in English

classification, DNA signal, dtw

Authors

JUGAS, R.

RIV year

2014

Released

24. 4. 2014

Publisher

LITERA

Location

Brno

ISBN

978-80-214-4922-0

Book

Proceedings of the 20th conference Student EEICT 2014

Edition number

1.

Pages from

132

Pages to

134

Pages count

3

BibTex

@inproceedings{BUT107381,
  author="Robin {Jugas}",
  title="Číslicové zpracování genomických signálů pro klasifikaci rostlin",
  booktitle="Proceedings of the 20th conference Student EEICT 2014",
  year="2014",
  number="1.",
  pages="132--134",
  publisher="LITERA",
  address="Brno",
  isbn="978-80-214-4922-0"
}