Detail publikace

Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů

MADĚRÁNKOVÁ, D.

Originální název

Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů

Český název

Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů

Anglický název

Analysis of nucleotide density vectors as method for identification of organisms

Typ

článek ve sborníku

Jazyk

cs

Originální abstrakt

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou bezobratlí, ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Český abstrakt

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou bezobratlí, ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Anglický abstrakt

Accurate, quick, and cheap identification of organism is still unavailable. There is lack of qualified taxonomists. Whole and preferably intact organism is needed for their work. Molecular biologists are developing methods for identification of organisms through analysis of their genomes or proteoms from small tissue sample. DNA barcoding is worldwide initiative for collecting, storing and analyzing of mitochondrial genes suitable of species identification. Gene cytochrome c oxidase subunit 1 is considered to be appropriate for animals identification. Our proposed method based on comparison of analyzed sequence nucleotide density with reference densities was tested on datasets from different groups of organisms like caddis flies, fish, amphibians, birds, and mammals. In most cases, the identification efficiency was 100.00 %. If the analyzed sequence did not belong to reference species it was identified as relative species with high probability.

Klíčová slova

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Rok RIV

2013

Vydáno

20.11.2013

Místo

Brno

ISBN

978-80-214-4814-8

Kniha

Nové směry v biomedicínském inženýrství

Číslo edice

1

Strany od

8

Strany do

13

Strany počet

6

BibTex


@inproceedings{BUT104071,
  author="Denisa {Maděránková}",
  title="Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů",
  annote="Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou bezobratlí, ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.",
  booktitle="Nové směry v biomedicínském inženýrství",
  chapter="104071",
  howpublished="print",
  year="2013",
  month="november",
  pages="8--13",
  type="conference paper"
}