Přístupnostní navigace
E-přihláška
Vyhledávání Vyhledat Zavřít
Detail projektu
Období řešení: 01.01.2023 — 31.12.2025
Zdroje financování
Grantová agentura České republiky - Standardní projekty
- plně financující (2023-01-01 - 2025-12-31)
O projektu
Nanopórové sekvenování se díky nízkým pořizovacím nákladům, konektivitě, miniaturním sekvenátorům, jednoduché extrakci vzorků a přípravě sekvenační knihovny, stává budoucností sekvenace DNA. Je dostupné i pro malé laboratoře nebo terénní pracoviště na celém světě. Navíc umožňuje mnohem širší využití sekvenačních dat, kde z přímého sekvenování nativní DNA i bez předchozí chemické modifikace jsme schopni zjistit nejen čistě genetickou informaci, ale i cenná epigenetická data umožňující predikci fenotypu. Tím můžeme díky jednomu přístroji, na základě jednoho sekvenačního běhu identifikovat a kvantifikovat mikrobiální kmeny, profilovat antimikrobiální rezistenci nebo detekovat strukturální variace. K tomu všemu jsou zapotřebí velmi pokročilé nástroje pro postsekvenační zpracování genetické informace. Těmi ovšem ztrácíme největší výhodu nanopórového sekvenování – přístup k sekvenačním datům již v průběhu sekvenace. Námi navrhovaný způsob zachovává přístup v reálném čase, díky zpracování surového nanopórového signálu, a tím umožňuje okamžité profilování a posouzení infekčních rizik.
Klíčová slovačíslicové zpracování genomických signálů;umělá inteligence;celogenomová analýza;genotypizace;klasifikační techniky;sestavování genomu;výtěžnost sekvenačních dat;identifikace genetických markerů;
Označení
23-05845S
Originální jazyk
čeština
Řešitelé
Vítková Helena, Ing., Ph.D. - hlavní řešitelJakubíček Roman, Ing., Ph.D. - spoluřešitelNykrýnová Markéta, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Útvary
Ústav biomedicínského inženýrství- příjemce (30.03.2022 - nezadáno)
Výsledky
UMAIR, M.; SEDLÁŘ, K. DNA Methylation Detection With Pacific Biosciences sequencing and Oxford Nanopore sequencing Technology. PROCEEDINGS I OF THE 29TH STUDENT EEICT 2023. 2023. p. 275-278. ISBN: 978-80-214-6153-6.Detail
NYKRÝNOVÁ, M.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Bacterial phenotype prediction based on methylation site profiles. In 2023 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB). IEEE, 2023. p. 1-6. ISBN: 979-8-3503-1017-7.Detail