Detail oboru

Biomedicínské technologie a bioinformatika

FEKTZkratka: PK-BTBAk. rok: 2017/2018Zaměření: -

Program: Biomedicínské technologie a bioinformatika

Délka studia: 4 roky

Akreditace od: 20.12.2012Akreditace do: 31.12.2020

Garant oboru

Vypsaná témata doktorského studijního programu

  1. Bioinformatická analýza genové exprese u kardiomyopatie

    Kardiomyopatie je častou příčinou selhání srdce a srdečních transplantaci. Tato studie má za cíl prozkoumat potenciální geny související s kardiomyopatií a dále zkoumat jejich základní regulační mechanismus za použití bioinformatiky. Budou použity profily genové exprese získané z Gene Expression Omnibus databáze. Diferenciálně exprimované geny budou vyhledávány porovnáním normálních a s kardiomyopatií souvisejících vzorků s využitím nových metod bioinformatiky. Dále budou predikovány potenciální transkripční faktory a microRNA těchto genů souvisejících s kardiomyopatií na základě jejich vazebných sekvencí. Kromě toho budou geny související s kardiomyopatií použity k nalezení malých molekul jako potenciálních terapeutických léčiv pro kardiomyopatii.

    Školitel: Provazník Ivo, prof. Ing., Ph.D.

  2. Tracking transplantovaných buněk - metody značení a detekce buněk

    Dizertační práce se zabývá výzkumem metod značení a detekce buněk, které se využívají v rutinní nebo experimentální transplantaci (mesenchymální stromální buňka, dendritické buňky, hematopoietické buńky, chondroblasty). Trendem posledních let je označit buňky více nezávislými značkami nebo integrovanými multimodálními značkami včetně nanočástic. Práce shrnuje současné poznatky a srovnává jak různé značky vykazují možnosti kombinace, dlouhodobé detekovatelnosti, stability v buňce, biokompatibility s buňkou a kvantifikovatelnosti množiny buněk v jednotkovém objemu tkáně. Práce testuje možnost značení buněk různými komerčními a experimentálními značkami, jejich biokompatibilitu a následnou možnost detekce značených buněk a detekční limity buněk jak v idealizovaných in-vitro podmínkách, tak v modelu reálné tkáně i v samotné reálné tkáni. Výsledky budou využity v aktuálně řešených projektech zabývajích se vpravením DNA plasmidu do buňky s využitím magnetických nanočástic, monitoringu adherentních regenerativních buněk a sledování jejich migrace ve tkáni a studiem monovrstev endotelových buněk pro vytváření umělých cév.

    Školitel: Provazník Ivo, prof. Ing., Ph.D.

  3. Vysokofrekvenční EKG body-surface mapování, metody předzpracování, vyhodnocení a zobrazení

    Téma zahrnuje studium a návrh metod zabývajících se mapování rozložení elektrické aktivity srdce na povrchu hrudníku s využitím neinvazivních vysokofrekvenčních záznamů elektrokardiografu (EKG). Součástí práce bude separace a eliminace rušivých signálů pocházejících z různých zdrojů, realizace metodiky pro detekci artefaktů kardiostimulátoru v EKG signálu, identifikace přesné oblasti výskytu artefaktu, eliminace vlivu artefaktu na signál EKG v široké spektrální oblasti a ověření přesnosti detekce s různými typy a nastaveními kardiostimulátorů. Práce dále zahrnuje širokospektrální vyhodnocení akumulovaného EKG u klidových záznamů z maticových elektrodových polí pro časové a prostorové mapování elektrických potenciálů srdce. Mapování bude zaměřené na šíření komorové depolarizace v době trvání QRS komplexu a součástí bude vyhodnocení prostorového rozložení vyšších frekvenčních složek v závislosti na různých patologiích. Práce bude řešena ve spolupráci s Fakultní nemocnicí u sv. Anny v Brně.

    Školitel: Jurák Pavel, Ing., CSc.


Struktura předmětů s uvedením ECTS kreditů (studijní plán)

1. ročník, zimní semestr
KódNázevJ.Kr.Sem.Pov.Uk.Sk.Ot.
DBT5Moderní metody ve výzkumu elektrofyziologiecs4zimníVolitelný oborovýdrzkne
DBT4Moderní přístupy v analýze biomedicínských obrazůcs4zimníVolitelný oborovýdrzkne
DBT3Pokročilé mikroskopické techniky v biologiics4zimníVolitelný oborovýdrzkano
DJA6Angličtina pro doktorandycs4zimníVolitelný všeobecnýdrzkano
DRIZŘešení inovačních zadánícs2zimníVolitelný všeobecnýdrzkano
1. ročník, letní semestr
KódNázevJ.Kr.Sem.Pov.Uk.Sk.Ot.
DBT2Nové trendy v analýze a klasifikaci biomedicínských datcs4letníVolitelný oborovýdrzkano
DBT1Pokročilá analýza rozsáhlých genomických datcs4letníVolitelný oborovýdrzkne
DJA6Angličtina pro doktorandycs4letníVolitelný všeobecnýdrzkano
DRIZŘešení inovačních zadánícs2letníVolitelný všeobecnýdrzkano