Detail předmětu

Programování v bioinformatice

FEKT-FPRGAk. rok: 2010/2011

Předmět je zaměřen na programování v jazku Perl v oblasti bionformatiky. Zaměřuje se na seznámení s programovacím jazykem, jeho použitím pro analýzu sekvencí DNA a proteinů a interpretaci výsledků

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

6

Garant předmětu

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Zajišťuje ústav

Ústav biomedicínského inženýrství (UBMI)

Výsledky učení předmětu

Praktické znalosti programování v jazyku Perl zaměřené na práci s databázemi DNA a proteinů. Zvládnutí jednoduchých analýz sekvencí DNA a proteinů a interpretace výsledků.

Prerekvizity

Jsou požadovány znalosti na úrovni bakalářského studia.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování závisejí na způsobu výuky a jsou popsány článkem 7 Studijního a zkušebního řádu VUT.

Způsob a kritéria hodnocení

Podmínky pro úspěšné ukončení předmětu stanoví každoročně aktualizovaná vyhláška garanta předmětu.

Osnovy výuky

Úvod do programovacího jazyka Perl. Datové typy, proměnné, příkazy. Oprátory, regulární výrazy. Základní prvky programu, funkce, podprogramy. Přesměrování vstupu/výstupu. Složitější datové struktury. Zpracování textu.

Učební cíle

Seznámení a osvojení základních programovacích návyků v jazyku Perl. Seznámení s některými již vyřešenými úlohami pro analýzu sekvencí DNA a proteinů. Seznámení s datovými typy, operacemi s nimi a možnostmi prezentace výsledků. Tyto znalosti budou následně využity při tvorbě vlastních programů.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění stanoví každoročně aktualizovaná vyhláška garanta předmětu.

Základní literatura

Moorhouse M, Barry P: Bioinformatics Biocomputing and Perl: An Introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice. Wiley; 1 edition, 2004. (EN)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program BTBIO-F magisterský navazující

    obor F-BTB , 2. ročník, zimní semestr, povinný

Typ (způsob) výuky

 

Přednáška

13 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

1. Úvod do programovacího jazyka Perl. Základní příkazy Unixu.
2. Datové typy, proměnné, příkazy.
3. Oprátory, regulární výrazy.
4. Základní prvky programu, funkce, podprogramy.
5. Přesměrování vstupu/výstupu.
6. Složitější datové struktury.
7. Zpracování textu.

Cvičení na počítači

39 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

1. Seznámení s provozním řádem počítačové laboratoře a náplní cvičení.
2. Seznámení s CPAN klientem.
3. Práce s adresáři, soubory, nápověda.
4. Vytvoření vlastního programu pro vyhledávání sekvencí.
5. Práce s datovými zdroji, DNA databáze.
6. Nástroje pro bioinformatiku.
7. BioPerl, základní objekty.
8. Práce se sekvencemi DNA.
9. Prohledávání sekvencí DNA pomocí BLAST.
10. Identifikace specifických sekvencí.
11. Prezentace samostatných projektů.
12. Prezentace samostatných projektů.
13. Závěrečný test.

Ostatní aktivity

13 hod., povinná

Vyučující / Lektor

doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D.

Osnova

1. Samostudium databází DNA a proteinů.
2. Samostudium vyhledávacích algoritmů.
3. Vypracování samostatného projektu.