Detail publikace

Celogenomové srovnání organismů pomocí signálového zpracování

ŠKUTKOVÁ, H. VÍTEK, M. PROVAZNÍK, I.

Originální název

Celogenomové srovnání organismů pomocí signálového zpracování

Český název

Celogenomové srovnání organismů pomocí signálového zpracování

Anglický název

Celogenomové srovnání organismů pomocí signálového zpracování

Typ

článek ve sborníku

Jazyk

cs

Originální abstrakt

Srovnání celých genomů organismů ve formě genomických číslicových signálů přináší nové možnosti analýzy DNA, které v klasickém „symbolovém“ zpracování nukleových kyselin nebyly možné. Zachovává většinu klasických technik pro analýzu genomických dat, jako jsou: zarovnání sekvencí, fylogenetická analýza, mapování genu, vyhledání strukturálních podobností apod. Ty však mnohonásobně urychluje a snižuje výpočetní náročnost pro velké objemy dat. Tím zpřístupňuje velké srovnávací studie celých genomů více organismů, které dříve zabraly celým týmům i několik let. Možnosti číslicového zpracování genomických dat jsou demonstrovány na srovnávací studii nejaktuálnějších záznamů genomů člověka a šimpanze.

Český abstrakt

Srovnání celých genomů organismů ve formě genomických číslicových signálů přináší nové možnosti analýzy DNA, které v klasickém „symbolovém“ zpracování nukleových kyselin nebyly možné. Zachovává většinu klasických technik pro analýzu genomických dat, jako jsou: zarovnání sekvencí, fylogenetická analýza, mapování genu, vyhledání strukturálních podobností apod. Ty však mnohonásobně urychluje a snižuje výpočetní náročnost pro velké objemy dat. Tím zpřístupňuje velké srovnávací studie celých genomů více organismů, které dříve zabraly celým týmům i několik let. Možnosti číslicového zpracování genomických dat jsou demonstrovány na srovnávací studii nejaktuálnějších záznamů genomů člověka a šimpanze.

Anglický abstrakt

The representation of the whole genome of species by genomic signals allows using new techniques for DNA analysis, which was not possible in classical symbols expression. Moreover, the most of common methods for DNA analysis as sequence alignment, phylogenetic analysis, gene mapping or structural comparison remain usable for genomic signals, but with multiple speed up processing especially for large data sets. It makes available large comparison studies of the whole genomes from several different species together, which previously took months even years of whole scientific teams. In this paper, the potential of genomic signal processing is demonstrated on comparative study of the most current records of human and chimpanzee genomes. The structural changes are evaluated for each pair of whole chromosomes of both very evolutionary close primates.

Klíčová slova

Homo sapiens, Pan troglodytes, číslicové zpracování genomických signálů, celogenomová DNA, komparativní genomika

Rok RIV

2013

Vydáno

03.07.2013

ISBN

978-80-8086-208-4

Kniha

Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013

Strany od

1

Strany do

5

Strany počet

5

BibTex


@inproceedings{BUT102323,
  author="Helena {Škutková} and Martin {Vítek} and Ivo {Provazník}",
  title="Celogenomové srovnání organismů pomocí signálového zpracování",
  annote="Srovnání celých genomů organismů ve formě genomických číslicových signálů přináší nové možnosti analýzy DNA, které v klasickém „symbolovém“ zpracování nukleových kyselin nebyly možné. Zachovává většinu klasických technik pro analýzu genomických dat, jako jsou: zarovnání sekvencí, fylogenetická analýza, mapování genu, vyhledání strukturálních podobností apod. Ty však mnohonásobně urychluje a snižuje výpočetní náročnost pro velké objemy dat. Tím zpřístupňuje velké srovnávací studie celých genomů více organismů, které dříve zabraly celým týmům i několik let. Možnosti číslicového zpracování genomických dat jsou demonstrovány na srovnávací studii nejaktuálnějších záznamů genomů člověka a šimpanze.",
  booktitle="Trendy v biomedicínskom inžinierstve 2013",
  chapter="102323",
  howpublished="electronic, physical medium",
  year="2013",
  month="july",
  pages="1--5",
  type="conference paper"
}