Detail publikace

Klasifikace genomických signálů pomocí dynamického borcení času

ŠKUTKOVÁ, H. VÍTEK, M. BABULA, P. KIZEK, R. PROVAZNÍK, I.

Originální název

Classification of genomic signals using dynamic time warping

Český název

Klasifikace genomických signálů pomocí dynamického borcení času

Anglický název

Classification of genomic signals using dynamic time warping

Typ

článek v časopise

Jazyk

en

Originální abstrakt

Classification methods of DNA most commonly use comparison of the differences in DNA symbolic records, which requires the global multiple sequence alignment. This solution is often inappropriate, causing a number of imprecisions and requires additional user intervention for exact alignment of the similar segments. The similar segments in DNA represented as a signal are characterized by a similar shape of the curve. The DNA alignment in genomic signals may adjust whole sections not only individual symbols. The dynamic time warping (DTW) is suitable for this purpose and can replace the multiple alignment of symbolic sequences in applications, such as phylogenetic analysis.

Český abstrakt

Klasifikační metody DNA nejčastěji používají srovnání rozdílů v evidenci DNA symbolické, což vyžaduje globální vícenásobné sekvenční zarovnání. Toto řešení je často nevhodné, což způsobuje celou řadu nepřesností a vyžaduje další zásah uživatele pro exaktní přizpůsobení obdobných segmentů. Obdobné segmenty DNA reprezentován jako signál se vyznačují podobného tvaru křivky. DNA v genomu vyrovnání signálů může upravit celých částí nejen jednotlivé symboly. Dynamické borcení času (DTW) je vhodný pro tento účel a může nahradit mnohonásobné uspořádání symbolických sekvencí v aplikacích, jako jsou například fylogenetickou analýzu.

Anglický abstrakt

Classification methods of DNA most commonly use comparison of the differences in DNA symbolic records, which requires the global multiple sequence alignment. This solution is often inappropriate, causing a number of imprecisions and requires additional user intervention for exact alignment of the similar segments. The similar segments in DNA represented as a signal are characterized by a similar shape of the curve. The DNA alignment in genomic signals may adjust whole sections not only individual symbols. The dynamic time warping (DTW) is suitable for this purpose and can replace the multiple alignment of symbolic sequences in applications, such as phylogenetic analysis.

Klíčová slova

fylogeneze, dynamické borcení času, genomických signálů

Rok RIV

2013

Vydáno

12.08.2013

Nakladatel

BIOMED CENTRAL LTD

Místo

London

Strany od

1

Strany do

7

Strany počet

7

URL

BibTex


@article{BUT101854,
  author="Helena {Škutková} and Martin {Vítek} and Petr {Babula} and René {Kizek} and Ivo {Provazník}",
  title="Classification of genomic signals using dynamic time warping",
  annote="Classification methods of DNA most commonly use comparison of the differences in DNA symbolic records, which requires the global multiple sequence alignment. This solution is often inappropriate, causing a number of imprecisions and requires additional user intervention for exact alignment of the similar segments. The similar segments in DNA represented as a signal are characterized by a similar shape of the curve. The DNA alignment in genomic signals may adjust whole sections not only individual symbols. The dynamic time warping (DTW) is suitable for this purpose and can replace the multiple alignment of symbolic sequences in applications, such as phylogenetic analysis.",
  address="BIOMED CENTRAL LTD",
  chapter="101854",
  doi="10.1186/1471-2105-14-S10-S1",
  howpublished="online",
  institution="BIOMED CENTRAL LTD",
  number="10",
  volume="14",
  year="2013",
  month="august",
  pages="1--7",
  publisher="BIOMED CENTRAL LTD",
  type="journal article"
}