Detail produktu

PhylogenTree Analyzer

VADJÁK, Š. ŠKUTKOVÁ, H. SEDLÁŘ, K. KOŠČOVÁ, P. PROVAZNÍK, I.

Typ produktu

software

Abstrakt

Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.

Klíčová slova

fylogenetický strom, substituční matice, skórovací matice, distanční matice, evoluční model, Neighbor-Joining, Bootstrapping, Jackknifing, PTP test, Permutation Tail Probability, OTU jackknifing, resampling tests

Datum vzniku

31.10.2014

Umístění

Ústav biomedicínksého inženýrství, FEKT VUT v Brně Technická 12 616 00 Brno

Možnosti využití

Využití výsledku jiným subjektem je možné bez nabytí licence (výsledek není licencován)

Licenční poplatek

Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

www