Detail projektu

Moderní přístupy v analýze signálů, systémů a dat v biomedicínských aplikacích

Období řešení: 01.01.2020 — 31.12.2022

O projektu

Projekt je zaměřen obecně na aplikace inženýrských principů do oblastí biomedicíny, biologie a bioinformatiky. V těchto oblastech se zaměřuje na konkrétní témata, která jsou dlouhodobě předmětem výzkumu na UBMI. Jde zejména o zpracování a analýzu biosignálů (EKG, EMG, polysomnografie), zpracování a analýzu obrazů z různých zobrazovacích modalit (především optické zobrazování, MRI a CT), výzkum viability buněk pomocí mikroskopických metod a aplikace pokročilých matematických metod pro zpracování a analýzu genomických signálů.

Označení

FEKT-S-20-6195

Originální jazyk

čeština

Řešitelé

Kolář Radim, doc. Ing., Ph.D.
- hlavní řešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Bartoň Vojtěch, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Čejková Darina, Mgr. Bc., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Čmiel Vratislav, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Enikeev Amir, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Harabiš Vratislav, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Hejč Jakub, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Hesko Branislav, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Hracho Michal, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Chmelík Jiří, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Chmelíková Larisa
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Jakubíček Roman, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Janoušek Oto, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Jugas Robin, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Jurečková Kateřina, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Kašpar Jakub, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Kolářová Jana, doc. Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Kozumplík Jiří, doc. Ing., CSc.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Králík Martin, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Maršánová Lucie, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Mézl Martin, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Musilová Jana, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Němcová Andrea, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Novotná Petra, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Nykrýnová Markéta, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Odstrčilík Jan, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Paštěka Richard, Ing., MSc
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Provazník Ivo, prof. Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Ronzhina Marina, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Roy Sudeep, Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Sedlář Karel, Mgr. Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Smíšek Radovan, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Smital Lukáš, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Svozilová Veronika, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Škutková Helena, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Tyagi Atul, M.Sc., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Valterová Eva, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Vičar Tomáš, Ing.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)
Vítek Martin, Ing., Ph.D.
- spoluřešitel (01.01.2020 - 31.12.2022)

Útvary

Ústav biomedicínského inženýrství
- interní (01.01.2020 - 31.12.2022)
Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
- příjemce (01.01.2020 - 31.12.2022)

Zdroje financování

Vysoké učení technické v Brně - Vnitřní projekty VUT

- plně financující (2020-01-01 - 2021-12-31)

Výsledky

BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Watershed Segmentation for Peak Picking in Mass Spectrometry Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 494-502. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
Detail

MARŠÁLOVÁ, K.; SCHWARZ, D.; PROVAZNÍK, I. Classification of First-Episode Schizophrenia Using Wavelet Imaging Features. In Digital Personalized Health and Medicine. Studies in Health Technology and Informatics. Geneve: IOS Press, 2020. p. 1221-1222. ISBN: 978-1-64368-083-5.
Detail

NĚMCOVÁ, A.; JORDÁNOVÁ, I.; VAŘEČKA, M.; SMÍŠEK, R.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. Monitoring of heart rate, blood oxygen saturation, and blood pressure using a smartphone. Biomedical Signal Processing and Control, 2020, vol. 59, no. May 2020, p. 1-10. ISSN: 1746-8108.
Detail

MUSILOVÁ, J. HOMOLOGSEARCH: R Package for Identyfying Homologous Sequences between Model and Non-model Organisms. In Proceeding I of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 334-338. ISBN: 978-80-214-5867-3.
Detail

NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 569-578. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
Detail

BARILÍKOVÁ, L. MY_UMI_TOOL: Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome. In PROCEEDINGS II OF THE 26TH CONFERENCE STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 76-79. ISBN: 978-80-214-5868-0.
Detail

NEMČEK, J. Detection of intracranial haemorrhages in head CT data based on deep learning. In Proceedings II of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Brno University of Technolog, Faculty of Electrical Engineering anf Communication, 2020. p. 72-75. ISBN: 978-80-214-5868-0.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J. Reproducible analytical pipeline for using raw RNA-Seq data from non-model organisms. Proceedings of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 225-228. ISBN: 978-80-214-5867-3.
Detail

TORNOW, R.; KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J.; LABOUNKOVÁ, I.; HORN, F. Imaging video plethysmography shows reduced signal amplitude in glaucoma patients in the area of the microvascular tissue of the optic nerve head. GRAEFES ARCHIVE FOR CLINICAL AND EXPERIMENTAL OPHTHALMOLOGY, 2020, no. 1, p. 1-12. ISSN: 0721-832X.
Detail

NĚMCOVÁ, A.; VÍTEK, M.; NOVÁKOVÁ, M. Complex study on compression of ECG signals using novel single-cycle fractal-based algorithm and SPIHT. Scientific Reports, 2020, vol. 10, no. 1, p. 1-15. ISSN: 2045-2322.
Detail

SMITAL, L.; HAIDER, C.; VÍTEK, M.; LEINVEBER, P.; JURÁK, P.; NĚMCOVÁ, A.; SMÍŠEK, R.; MARŠÁNOVÁ, L.; PROVAZNÍK, I.; FELTON, C.; GILBERT, B.; HOLMES, D. Real-Time Quality Assessment of Long-Term ECG Signals Recorded by Wearables in Free-Living Conditions. IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING, 2020, vol. 67, no. 10, p. 2721-2734. ISSN: 1558-2531.
Detail

ONDRUŠ, J.; HUBATKA, F.; KULICH, P.; ODEHNALOVÁ, N.; HARABIŠ, V.; HESKO, B.; SYCHRA, O.; ŠIROKÝ, P.; TURÁNEK, J.; NOVOBILSKÝ, A. A novel approach to imaging engorged ticks: Micro-CT scanning of Ixodes ricinus fed on blood enriched with gold nanoparticles. TICKS TICK-BORNE DIS, 2020, vol. 12, no. 1, p. 1-6. ISSN: 1877-959X.
Detail

VIČAR, T.; HEJČ, J.; NOVOTNÁ, P.; RONZHINA, M.; JANOUŠEK, O. ECG Abnormalities Recognition Using Convolutional Networkwith Global Skip Connections and Custom Loss Function. In Computing in Cardiology 2020. Computers in Cardiology. 47. Rimini, Italy: Computing in Cardiology 2020, 2020. p. 1-4. ISSN: 0276-6574.
Detail

NOVOTNÁ, P.; VIČAR, T.; RONZHINA, M.; HEJČ, J.; KOLÁŘOVÁ, J. Deep-Learning Premature Contraction Localization in 12-lead ECGfrom Whole Signal Annotations. In Computing in Cardiology 2020. Computers in Cardiology. 47. Rimini, Italy: Computing in Cardiology 2020, 2020. p. 1-4. ISSN: 0276-6574.
Detail

PAL, A.; ROY, S.; KUMAR, A.; MAHMOOD, S.; KHODAPANAH, N.; THOMAS, S.; AGATEMOR, C.; GHOSAL, K. Physicochemical Characterization, Molecular Docking, and In Vitro Dissolution of Glimepiride−Captisol Inclusion Complexes. ACS OMEGA, 2020, vol. 5, no. 32, p. 19968-19977. ISSN: 2470-1343.
Detail

VASYLKIVSKA, M.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; JUREČKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Phenotypic and genomic analysis of Clostridium beijerinckii NRRL B-598 mutants with increased butanol tolerance. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2020, vol. 8, no. 1, p. 1-18. ISSN: 2296-4185.
Detail

RAJENDRAN, M.; ROY, S.; RAVICHANDRAN, K.; MISHRA, B.; GUPTA, D.; NAGARAJAN, S.; SELVARAJ, R.; PROVAZNÍK, I. In-silico screening and molecular dynamics of phytochemicals from Indian cuisine against SARS-CoV-2 MPro. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, 2020, vol. 38, no. 18, p. 1-15. ISSN: 1538-0254.
Detail

PATÁKOVÁ, P.; KOLEK, J.; JUREČKOVÁ, K.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; VASYLKIVSKA, M.; PROVAZNÍK, I. Deeper below the surface – transcriptional changes of selected Clostridium beijerinckii NRRL B-598 genes induced by butanol shock. MicrobiologyOpen, 2020, vol. 00, no. 0, p. 1-14. ISSN: 2045-8827.
Detail

NOVOTNÁ, P.: Generátor šumu; Software pro generování šumu v 1D signálech. Ústav biomedicínského inženýrství, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, VUT v Brně, Technická 12, Brno 61600. URL: https://github.com/PetraNovotna/generator_sumu. (software)
Detail

JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J.: CTDeepRot; CTDeepRot. Ústav biomedicínského inženýrství Vysoké učení technické v Brně Technická 12 616 00 Brno Česká republika +web GitHub. URL: https://github.com/JakubicekRoman/CTDeepRot. (software)
Detail