Detail projektu
Moderní přístupy v analýze signálů, systémů a dat v biomedicínských aplikacích
Období řešení: 01.03.2020 — 28.02.2023
O projektu
Projekt je zaměřen obecně na aplikace inženýrských principů do oblastí biomedicíny, biologie a bioinformatiky. V těchto oblastech se zaměřuje na konkrétní témata, která jsou dlouhodobě předmětem výzkumu na UBMI. Jde zejména o zpracování a analýzu biosignálů (EKG, EMG, polysomnografie), zpracování a analýzu obrazů z různých zobrazovacích modalit (především optické zobrazování, MRI a CT), výzkum viability buněk pomocí mikroskopických metod a aplikace pokročilých matematických metod pro zpracování a analýzu genomických signálů.
Označení
FEKT-S-20-6195
Originální jazyk
čeština
Řešitelé
Kolář Radim, doc. Ing., Ph.D. - hlavní řešitel
Bartoň Vojtěch, Ing. - spoluřešitel
Čejková Darina, Mgr. Bc., Ph.D. - spoluřešitel
Čmiel Vratislav, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Enikeev Amir, Ing. - spoluřešitel
Harabiš Vratislav, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Hejč Jakub, Ing. - spoluřešitel
Hesko Branislav, Ing. - spoluřešitel
Hracho Michal, Ing. - spoluřešitel
Chmelík Jiří, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Chmelíková Larisa - spoluřešitel
Jakubíček Roman, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Janoušek Oto, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Jugas Robin, Ing. - spoluřešitel
Jurečková Kateřina, Ing. - spoluřešitel
Kašpar Jakub, Ing. - spoluřešitel
Kolářová Jana, doc. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Kozumplík Jiří, doc. Ing., CSc. - spoluřešitel
Králík Martin, Ing. - spoluřešitel
Maršánová Lucie, Ing. - spoluřešitel
Mézl Martin, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Musilová Jana, Ing. - spoluřešitel
Němcová Andrea, Ing. - spoluřešitel
Novotná Petra, Ing. - spoluřešitel
Nykrýnová Markéta, Ing. - spoluřešitel
Odstrčilík Jan, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Paštěka Richard, Ing., MSc - spoluřešitel
Provazník Ivo, prof. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Ronzhina Marina, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Roy Sudeep, Ph.D. - spoluřešitel
Sedlář Karel, Mgr. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Smíšek Radovan, Ing. - spoluřešitel
Smital Lukáš, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Svozilová Veronika, Ing. - spoluřešitel
Škutková Helena, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Tyagi Atul, M.Sc., Ph.D. - spoluřešitel
Valterová Eva, Ing. - spoluřešitel
Vičar Tomáš, Ing. - spoluřešitel
Vítek Martin, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Útvary
Ústav biomedicínského inženýrství
- interní (01.01.2020 - 31.12.2022)
Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
- příjemce (01.01.2020 - 31.12.2022)
Zdroje financování
Vysoké učení technické v Brně - Vnitřní projekty VUT
- plně financující (2020-01-01 - 2021-12-31)
Výsledky
BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Watershed Segmentation for Peak Picking in Mass Spectrometry Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 494-502. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
Detail
ENIKEEV, A.; SKOPALÍK, J.; PARÁK, T.; ŠVÍK, K.; ČMIEL, V.; KOLÁŘOVÁ, J.; MAŠEK, J. Smart biometric recording system. In 20th Conference of Czech and Slovak Physicists Proceeding. Slovak Physical Society, Czech Physical Society, 2020. p. 109-110. ISBN: 978-80-89855-13-1.
Detail
NĚMCOVÁ, A.; JORDÁNOVÁ, I.; VAŘEČKA, M.; SMÍŠEK, R.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. Monitoring of heart rate, blood oxygen saturation, and blood pressure using a smartphone. Biomedical Signal Processing and Control, 2020, vol. 59, no. May 2020, p. 1-10. ISSN: 1746-8108.
Detail
MUSILOVÁ, J. HOMOLOGSEARCH: R Package for Identyfying Homologous Sequences between Model and Non-model Organisms. In Proceeding I of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 334-338. ISBN: 978-80-214-5867-3.
Detail
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 569-578. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
Detail
NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; SEDLÁŘ, K.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Word entropy-based approach to detect highly variable genetic markers for bacterial genotyping. Frontiers in Microbiology, 2021, vol. 12, no. 1, p. 1-8. ISSN: 1664-302X.
Detail
NEMČEK, J. Detection of intracranial haemorrhages in head CT data based on deep learning. In Proceedings II of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Brno University of Technolog, Faculty of Electrical Engineering anf Communication, 2020. p. 72-75. ISBN: 978-80-214-5868-0.
Detail
SCHWARZEROVÁ, J. Reproducible analytical pipeline for using raw RNA-Seq data from non-model organisms. Proceedings of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 225-228. ISBN: 978-80-214-5867-3.
Detail
TORNOW, R.; KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J.; LABOUNKOVÁ, I.; HORN, F. Imaging video plethysmography shows reduced signal amplitude in glaucoma patients in the area of the microvascular tissue of the optic nerve head. GRAEFES ARCHIVE FOR CLINICAL AND EXPERIMENTAL OPHTHALMOLOGY, 2020, no. 1, p. 1-12. ISSN: 0721-832X.
Detail
NĚMCOVÁ, A.; VÍTEK, M.; NOVÁKOVÁ, M. Complex study on compression of ECG signals using novel single-cycle fractal-based algorithm and SPIHT. Scientific Reports, 2020, vol. 10, no. 1, p. 1-15. ISSN: 2045-2322.
Detail
SMITAL, L.; HAIDER, C.; VÍTEK, M.; LEINVEBER, P.; JURÁK, P.; NĚMCOVÁ, A.; SMÍŠEK, R.; MARŠÁNOVÁ, L.; PROVAZNÍK, I.; FELTON, C.; GILBERT, B.; HOLMES, D. Real-Time Quality Assessment of Long-Term ECG Signals Recorded by Wearables in Free-Living Conditions. IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING, 2020, vol. 67, no. 10, p. 2721-2734. ISSN: 1558-2531.
Detail
ONDRUŠ, J.; HUBATKA, F.; KULICH, P.; ODEHNALOVÁ, N.; HARABIŠ, V.; HESKO, B.; SYCHRA, O.; ŠIROKÝ, P.; TURÁNEK, J.; NOVOBILSKÝ, A. A novel approach to imaging engorged ticks: Micro-CT scanning of Ixodes ricinus fed on blood enriched with gold nanoparticles. TICKS TICK-BORNE DIS, 2020, vol. 12, no. 1, p. 1-6. ISSN: 1877-959X.
Detail
VIČAR, T.; HEJČ, J.; NOVOTNÁ, P.; RONZHINA, M.; JANOUŠEK, O. ECG Abnormalities Recognition Using Convolutional Networkwith Global Skip Connections and Custom Loss Function. In Computing in Cardiology 2020. Computers in Cardiology. 47. Rimini, Italy: Computing in Cardiology 2020, 2020. p. 1-4. ISSN: 0276-6574.
Detail
NOVOTNÁ, P.; VIČAR, T.; RONZHINA, M.; HEJČ, J.; KOLÁŘOVÁ, J. Deep-Learning Premature Contraction Localization in 12-lead ECGfrom Whole Signal Annotations. In Computing in Cardiology 2020. Computers in Cardiology. 47. Rimini, Italy: Computing in Cardiology 2020, 2020. p. 1-4. ISSN: 0276-6574.
Detail
PAL, A.; ROY, S.; KUMAR, A.; MAHMOOD, S.; KHODAPANAH, N.; THOMAS, S.; AGATEMOR, C.; GHOSAL, K. Physicochemical Characterization, Molecular Docking, and In Vitro Dissolution of Glimepiride−Captisol Inclusion Complexes. ACS OMEGA, 2020, vol. 5, no. 32, p. 19968-19977. ISSN: 2470-1343.
Detail
VASYLKIVSKA, M.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; JUREČKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Phenotypic and genomic analysis of Clostridium beijerinckii NRRL B-598 mutants with increased butanol tolerance. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2020, vol. 8, no. 1, p. 1-18. ISSN: 2296-4185.
Detail
SEDLÁŘ, K.; VASYLKIVSKA, M.; MUSILOVÁ, J.; BRANSKÁ, B.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Phenotypic and genomic analysis of isopropanol and 1,3-propanediol producer Clostridium diolis DSM 15410. GENOMICS, 2020, vol. 113, no. 1, p. 1109-1119. ISSN: 0888-7543.
Detail
SMITAL, L.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMÍŠEK, R.; NĚMCOVÁ, A.; VÍTEK, M. Robust QRS Detection Using Combination of Three Independent Methods. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail
REPČÍK, T.; POLÁKOVÁ, V.; WALOSZEK, V.; NOHEL, M.; SMITAL, L.; VÍTEK, M.; KOLÁŘ, R. Biometric Authentication Using the Unique Characteristics of the ECG Signal. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail
RAJENDRAN, M.; ROY, S.; RAVICHANDRAN, K.; MISHRA, B.; GUPTA, D.; NAGARAJAN, S.; SELVARAJ, R.; PROVAZNÍK, I. In-silico screening and molecular dynamics of phytochemicals from Indian cuisine against SARS-CoV-2 MPro. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, 2020, vol. 38, no. 18, p. 1-15. ISSN: 1538-0254.
Detail
MARŠÁNOVÁ, L.; NĚMCOVÁ, A.; SMÍŠEK, R.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. Single-Feature Method for Fast Atrial Fibrillation Detection in ECG Signals. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail
SMÍŠEK, R.; NĚMCOVÁ, A.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMITAL, L.; VÍTEK, M.; KOZUMPLÍK, J. Cardiac Pathologies Detection and Classification in 12-lead ECG. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail
PATÁKOVÁ, P.; KOLEK, J.; JUREČKOVÁ, K.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; VASYLKIVSKA, M.; PROVAZNÍK, I. Deeper below the surface – transcriptional changes of selected Clostridium beijerinckii NRRL B-598 genes induced by butanol shock. MicrobiologyOpen, 2020, vol. 00, no. 0, p. 1-14. ISSN: 2045-8827.
Detail
BRANSKÁ, B.; VASYLKIVSKA, M.; RASCHMANOVÁ, H.; JUREČKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Changes in efflux pump activity of Clostridium beijerinckii throughout ABE fermentation. Applied Microbiology and Biotechnology, 2021, vol. 105, no. 1, p. 1-13. ISSN: 1432-0614.
Detail
SKOPALÍK, J.; HORÁK, T.; ČMIEL, V.;PARÁK, T.; PRŮCHA, J.; SVIK, K.; MAŠEK, J. SELECTION OF NANOPRTICLES FOR GENE AND PROTEIN DELIVERY AND QUANTIFICATION OF LASMID/PROTEIN SURFACE ADSORPTION. XX. Workshop of Biophysical Chemists and Electrochemists Book of abstracts. Brno: MUNI Press, 2020. p. 60-61. ISBN: 978-80-210-9655-4.
Detail
BARILÍKOVÁ, L. MY_UMI_TOOL: Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome. In PROCEEDINGS II OF THE 26TH CONFERENCE STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 76-79. ISBN: 978-80-214-5868-0.
Detail
MARŠÁLOVÁ, K.; SCHWARZ, D.; PROVAZNÍK, I. Classification of First-Episode Schizophrenia Using Wavelet Imaging Features. In Digital Personalized Health and Medicine. Studies in Health Technology and Informatics. Geneve: IOS Press, 2020. p. 1221-1222. ISBN: 978-1-64368-083-5.
Detail
NOVOTNÁ, P.: Generátor šumu; Software pro generování šumu v 1D signálech. Ústav biomedicínského inženýrství, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, VUT v Brně, Technická 12, Brno 61600. URL: https://github.com/PetraNovotna/generator_sumu. (software)
Detail
JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J.: CTDeepRot; CTDeepRot. Ústav biomedicínského inženýrství Vysoké učení technické v Brně Technická 12 616 00 Brno Česká republika +web GitHub. URL: https://github.com/JakubicekRoman/CTDeepRot. (software)
Detail