Detail projektu

Moderní přístupy v analýze signálů, systémů a dat v biomedicínských aplikacích

Období řešení: 01.03.2020 — 28.02.2023

O projektu

Projekt je zaměřen obecně na aplikace inženýrských principů do oblastí biomedicíny, biologie a bioinformatiky. V těchto oblastech se zaměřuje na konkrétní témata, která jsou dlouhodobě předmětem výzkumu na UBMI. Jde zejména o zpracování a analýzu biosignálů (EKG, EMG, polysomnografie), zpracování a analýzu obrazů z různých zobrazovacích modalit (především optické zobrazování, MRI a CT), výzkum viability buněk pomocí mikroskopických metod a aplikace pokročilých matematických metod pro zpracování a analýzu genomických signálů.

Označení

FEKT-S-20-6195

Originální jazyk

čeština

Řešitelé

Kolář Radim, doc. Ing., Ph.D. - hlavní řešitel
Bartoň Vojtěch, Ing. - spoluřešitel
Čejková Darina, Mgr. Bc., Ph.D. - spoluřešitel
Čmiel Vratislav, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Enikeev Amir, Ing. - spoluřešitel
Harabiš Vratislav, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Hejč Jakub, Ing. - spoluřešitel
Hesko Branislav, Ing. - spoluřešitel
Hracho Michal, Ing. - spoluřešitel
Chmelík Jiří, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Chmelíková Larisa - spoluřešitel
Jakubíček Roman, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Janoušek Oto, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Jugas Robin, Ing. - spoluřešitel
Jurečková Kateřina, Ing. - spoluřešitel
Kašpar Jakub, Ing. - spoluřešitel
Kolářová Jana, doc. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Kozumplík Jiří, doc. Ing., CSc. - spoluřešitel
Králík Martin, Ing. - spoluřešitel
Maršánová Lucie, Ing. - spoluřešitel
Mézl Martin, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Musilová Jana, Ing. - spoluřešitel
Němcová Andrea, Ing. - spoluřešitel
Novotná Petra, Ing. - spoluřešitel
Nykrýnová Markéta, Ing. - spoluřešitel
Odstrčilík Jan, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Paštěka Richard, Ing., MSc - spoluřešitel
Provazník Ivo, prof. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Ronzhina Marina, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Roy Sudeep, Ph.D. - spoluřešitel
Sedlář Karel, Mgr. Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Smíšek Radovan, Ing. - spoluřešitel
Smital Lukáš, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Svozilová Veronika, Ing. - spoluřešitel
Škutková Helena, Ing., Ph.D. - spoluřešitel
Tyagi Atul, M.Sc., Ph.D. - spoluřešitel
Valterová Eva, Ing. - spoluřešitel
Vičar Tomáš, Ing. - spoluřešitel
Vítek Martin, Ing., Ph.D. - spoluřešitel

Útvary

Ústav biomedicínského inženýrství
- interní (01.01.2020 - 31.12.2022)
Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
- příjemce (01.01.2020 - 31.12.2022)

Zdroje financování

Vysoké učení technické v Brně - Vnitřní projekty VUT

- plně financující (2020-01-01 - 2021-12-31)

Výsledky

BARTOŇ, V.; NYKRÝNOVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Watershed Segmentation for Peak Picking in Mass Spectrometry Data. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 494-502. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
Detail

ENIKEEV, A.; SKOPALÍK, J.; PARÁK, T.; ŠVÍK, K.; ČMIEL, V.; KOLÁŘOVÁ, J.; MAŠEK, J. Smart biometric recording system. In 20th Conference of Czech and Slovak Physicists Proceeding. Slovak Physical Society, Czech Physical Society, 2020. p. 109-110. ISBN: 978-80-89855-13-1.
Detail

NĚMCOVÁ, A.; JORDÁNOVÁ, I.; VAŘEČKA, M.; SMÍŠEK, R.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. Monitoring of heart rate, blood oxygen saturation, and blood pressure using a smartphone. Biomedical Signal Processing and Control, 2020, vol. 59, no. May 2020, p. 1-10. ISSN: 1746-8108.
Detail

MUSILOVÁ, J. HOMOLOGSEARCH: R Package for Identyfying Homologous Sequences between Model and Non-model Organisms. In Proceeding I of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 334-338. ISBN: 978-80-214-5867-3.
Detail

NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Detection of Highly Variable Genome Fragments in Unmapped Reads of Escherichia coli Genomes. In Bioinformatics and Biomedical Engineering. Lecture Notes in Computer Science. 2020. p. 569-578. ISBN: 978-3-030-45384-8. ISSN: 0302-9743.
Detail

NYKRÝNOVÁ, M.; BARTOŇ, V.; SEDLÁŘ, K.; BEZDÍČEK, M.; LENGEROVÁ, M.; ŠKUTKOVÁ, H. Word entropy-based approach to detect highly variable genetic markers for bacterial genotyping. Frontiers in Microbiology, 2021, vol. 12, no. 1, p. 1-8. ISSN: 1664-302X.
Detail

NEMČEK, J. Detection of intracranial haemorrhages in head CT data based on deep learning. In Proceedings II of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Brno University of Technolog, Faculty of Electrical Engineering anf Communication, 2020. p. 72-75. ISBN: 978-80-214-5868-0.
Detail

SCHWARZEROVÁ, J. Reproducible analytical pipeline for using raw RNA-Seq data from non-model organisms. Proceedings of the 26th Conference STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 225-228. ISBN: 978-80-214-5867-3.
Detail

TORNOW, R.; KOLÁŘ, R.; ODSTRČILÍK, J.; LABOUNKOVÁ, I.; HORN, F. Imaging video plethysmography shows reduced signal amplitude in glaucoma patients in the area of the microvascular tissue of the optic nerve head. GRAEFES ARCHIVE FOR CLINICAL AND EXPERIMENTAL OPHTHALMOLOGY, 2020, no. 1, p. 1-12. ISSN: 0721-832X.
Detail

NĚMCOVÁ, A.; VÍTEK, M.; NOVÁKOVÁ, M. Complex study on compression of ECG signals using novel single-cycle fractal-based algorithm and SPIHT. Scientific Reports, 2020, vol. 10, no. 1, p. 1-15. ISSN: 2045-2322.
Detail

SMITAL, L.; HAIDER, C.; VÍTEK, M.; LEINVEBER, P.; JURÁK, P.; NĚMCOVÁ, A.; SMÍŠEK, R.; MARŠÁNOVÁ, L.; PROVAZNÍK, I.; FELTON, C.; GILBERT, B.; HOLMES, D. Real-Time Quality Assessment of Long-Term ECG Signals Recorded by Wearables in Free-Living Conditions. IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING, 2020, vol. 67, no. 10, p. 2721-2734. ISSN: 1558-2531.
Detail

ONDRUŠ, J.; HUBATKA, F.; KULICH, P.; ODEHNALOVÁ, N.; HARABIŠ, V.; HESKO, B.; SYCHRA, O.; ŠIROKÝ, P.; TURÁNEK, J.; NOVOBILSKÝ, A. A novel approach to imaging engorged ticks: Micro-CT scanning of Ixodes ricinus fed on blood enriched with gold nanoparticles. TICKS TICK-BORNE DIS, 2020, vol. 12, no. 1, p. 1-6. ISSN: 1877-959X.
Detail

VIČAR, T.; HEJČ, J.; NOVOTNÁ, P.; RONZHINA, M.; JANOUŠEK, O. ECG Abnormalities Recognition Using Convolutional Networkwith Global Skip Connections and Custom Loss Function. In Computing in Cardiology 2020. Computers in Cardiology. 47. Rimini, Italy: Computing in Cardiology 2020, 2020. p. 1-4. ISSN: 0276-6574.
Detail

NOVOTNÁ, P.; VIČAR, T.; RONZHINA, M.; HEJČ, J.; KOLÁŘOVÁ, J. Deep-Learning Premature Contraction Localization in 12-lead ECGfrom Whole Signal Annotations. In Computing in Cardiology 2020. Computers in Cardiology. 47. Rimini, Italy: Computing in Cardiology 2020, 2020. p. 1-4. ISSN: 0276-6574.
Detail

PAL, A.; ROY, S.; KUMAR, A.; MAHMOOD, S.; KHODAPANAH, N.; THOMAS, S.; AGATEMOR, C.; GHOSAL, K. Physicochemical Characterization, Molecular Docking, and In Vitro Dissolution of Glimepiride−Captisol Inclusion Complexes. ACS OMEGA, 2020, vol. 5, no. 32, p. 19968-19977. ISSN: 2470-1343.
Detail

VASYLKIVSKA, M.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; JUREČKOVÁ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Phenotypic and genomic analysis of Clostridium beijerinckii NRRL B-598 mutants with increased butanol tolerance. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2020, vol. 8, no. 1, p. 1-18. ISSN: 2296-4185.
Detail

SEDLÁŘ, K.; VASYLKIVSKA, M.; MUSILOVÁ, J.; BRANSKÁ, B.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Phenotypic and genomic analysis of isopropanol and 1,3-propanediol producer Clostridium diolis DSM 15410. GENOMICS, 2020, vol. 113, no. 1, p. 1109-1119. ISSN: 0888-7543.
Detail

SMITAL, L.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMÍŠEK, R.; NĚMCOVÁ, A.; VÍTEK, M. Robust QRS Detection Using Combination of Three Independent Methods. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail

REPČÍK, T.; POLÁKOVÁ, V.; WALOSZEK, V.; NOHEL, M.; SMITAL, L.; VÍTEK, M.; KOLÁŘ, R. Biometric Authentication Using the Unique Characteristics of the ECG Signal. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail

RAJENDRAN, M.; ROY, S.; RAVICHANDRAN, K.; MISHRA, B.; GUPTA, D.; NAGARAJAN, S.; SELVARAJ, R.; PROVAZNÍK, I. In-silico screening and molecular dynamics of phytochemicals from Indian cuisine against SARS-CoV-2 MPro. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS, 2020, vol. 38, no. 18, p. 1-15. ISSN: 1538-0254.
Detail

MARŠÁNOVÁ, L.; NĚMCOVÁ, A.; SMÍŠEK, R.; SMITAL, L.; VÍTEK, M. Single-Feature Method for Fast Atrial Fibrillation Detection in ECG Signals. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail

SMÍŠEK, R.; NĚMCOVÁ, A.; MARŠÁNOVÁ, L.; SMITAL, L.; VÍTEK, M.; KOZUMPLÍK, J. Cardiac Pathologies Detection and Classification in 12-lead ECG. In Computing in Cardiology 2020. Computing in Cardiology. Rimini, Italy: 2020. p. 1-4. ISSN: 2325-887X.
Detail

PATÁKOVÁ, P.; KOLEK, J.; JUREČKOVÁ, K.; BRANSKÁ, B.; SEDLÁŘ, K.; VASYLKIVSKA, M.; PROVAZNÍK, I. Deeper below the surface – transcriptional changes of selected Clostridium beijerinckii NRRL B-598 genes induced by butanol shock. MicrobiologyOpen, 2020, vol. 00, no. 0, p. 1-14. ISSN: 2045-8827.
Detail

BRANSKÁ, B.; VASYLKIVSKA, M.; RASCHMANOVÁ, H.; JUREČKOVÁ, K.; SEDLÁŘ, K.; PROVAZNÍK, I.; PATÁKOVÁ, P. Changes in efflux pump activity of Clostridium beijerinckii throughout ABE fermentation. Applied Microbiology and Biotechnology, 2021, vol. 105, no. 1, p. 1-13. ISSN: 1432-0614.
Detail

SKOPALÍK, J.; HORÁK, T.; ČMIEL, V.;PARÁK, T.; PRŮCHA, J.; SVIK, K.; MAŠEK, J. SELECTION OF NANOPRTICLES FOR GENE AND PROTEIN DELIVERY AND QUANTIFICATION OF LASMID/PROTEIN SURFACE ADSORPTION. XX. Workshop of Biophysical Chemists and Electrochemists Book of abstracts. Brno: MUNI Press, 2020. p. 60-61. ISBN: 978-80-210-9655-4.
Detail

BARILÍKOVÁ, L. MY_UMI_TOOL: Processing of Unique Molecular Identifiers without Mapping to a Reference Genome. In PROCEEDINGS II OF THE 26TH CONFERENCE STUDENT EEICT 2020. Brno: Vysoké učení technické v Brně, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2020. p. 76-79. ISBN: 978-80-214-5868-0.
Detail

MARŠÁLOVÁ, K.; SCHWARZ, D.; PROVAZNÍK, I. Classification of First-Episode Schizophrenia Using Wavelet Imaging Features. In Digital Personalized Health and Medicine. Studies in Health Technology and Informatics. Geneve: IOS Press, 2020. p. 1221-1222. ISBN: 978-1-64368-083-5.
Detail

NOVOTNÁ, P.: Generátor šumu; Software pro generování šumu v 1D signálech. Ústav biomedicínského inženýrství, Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, VUT v Brně, Technická 12, Brno 61600. URL: https://github.com/PetraNovotna/generator_sumu. (software)
Detail

JAKUBÍČEK, R.; VIČAR, T.; CHMELÍK, J.: CTDeepRot; CTDeepRot. Ústav biomedicínského inženýrství Vysoké učení technické v Brně Technická 12 616 00 Brno Česká republika +web GitHub. URL: https://github.com/JakubicekRoman/CTDeepRot. (software)
Detail