Příručka oboru

Biomedicínské technologie a bioinformatika (BTB-PP)

Doktorský studijní program

Prezenční studium

ZÁKLADNÍ INFORMACE O OBORU

Biomedicínské technologie a bioinformatika (PP-BTB)

akademický rok 2017/2018

Obsah
  1. Charakteristika a cíle oboru
  2. Profil a uplatnění absolventa
  3. Oborová rada
  4. Základní zásady a pravidla studia
  5. Návaznost studia na další typy studijních programů
  6. Studijní plány
  7. Anotace předmětů
  8. Praxe
  9. Státní závěrečná zkouška

1. Charakteristika a cíle oboru

Cílem studia je především prohloubit teoretické znalosti z oblastí zaměřených na bioinformatiku, biomedicínské inženýrství, matematickou a systémovou biologii, genomiku a proteomiku a příbuzných oborů. Dále je pak kladen důraz na získání zkušenosti z oblastí základního i aplikovaného výzkumu v těchto oborech. Studium je koncipováno jako výhradně mezioborové, z čehož vyplývá i další cíl a to, posílení schopnosti komunikace a vědecké spolupráce mezi absolventem oboru a vědeckými odborníky z oblasti biologických a lékařských věd. Studium umožní získat zkušenosti v experimentální práci včetně zpracování a analýzy výsledků za využití metod z oblasti vyšší aplikované matematiky a statistiky.

2. Profil a uplatnění absolventa

Absolvent doktorského studia tohoto oboru by měl být zralou vědeckou osobností s velkým rozhledem v oblastech bioinformatiky, matematické a systémové biologie, genomiky a proteomiky, ale také v oblasti technických věd. Je připraven řešit náročné výzkumné a vývojové problémy. V praxi je absolvent tohoto doktorského studia schopen samostatné tvůrčí činnosti a samostatně vést výzkum a vývoj ve zmíněných oblastech vědy. Dále je schopen vést výzkumné týmy a zajišťovat mezioborovou komunikaci a spolupráci. Najde uplatnění na výzkumných institucích a ve firmách, kde je ve velké míře požadován inovativní přístup k řešení problémů – od návrhu řešení po realizaci.

3. Oborová rada

Za obsahovou náplň a organizační zajištění studia každého oboru studijního programu odpovídá oborová rada, složená z významných akademických pracovníků ústavů fakulty a odborníků z praxe působících na tomto oboru. Pro uvedený obor je současné složení oborové rady následující:

prof. Ing. Valentine Provazník, Ph.D. - předseda
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D. - člen interní
doc. Ing. Daniel Schwarz, Ph.D. - člen interní
prof. MUDr. Marie Nováková, Ph.D. - člen externí
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. - člen externí
prof. MUDr.Ing. Petr Hluštík, Ph.D. - člen externí
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. - člen externí
prof. Ewaryst Tkacz, Ph.D.,D.Sc. - člen externí
Prof. José Millet Roig - člen externí
prof. Dr. Marcin Grzegorzek - člen externí

4. Základní zásady a pravidla studia

5. Návaznost studia na další typy studijních programů

6. Studijní plány

Zkr. Název Př/Dv Uk. Zajišťuje Garant Kr. Pov. Sk.
- Volitelný oborový
DBT3 Pokročilé mikroskopické techniky v bi... 0/1drzkUBMI prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D.4VO  
DBT5 Moderní metody ve výzkumu elektrofyzi... 0/1drzkUBMI prof. MUDr. Marie Nováková, Ph.D.4VO  
DBT4 Moderní přístupy v analýze biomedicín... 0/1drzkUBMI doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D.4VO  
Zkr. Název Př/Dv Uk. Zajišťuje Garant Kr. Pov. Sk.
- Volitelný oborový
DBT1 Pokročilá analýza rozsáhlých genomick... 0/1drzkUBMI prof. Ing. Valentine Provazník, Ph.D.4VO  
DBT2 Nové trendy v analýze a klasifikaci b... 0/1drzkUBMI doc. Ing. Jiří Kozumplík, CSc.4VO  
Volitelné všeobecně vzdělávací předměty
Zkr. Název Roč. Př/Dv Uk. Zajišťuje Garant Kr. Pov. Sk.
DJA6 Angličtina pro doktorandy10/26drzkUJAZ Mgr. Petra Zmrzlá, Ph.D.4VV  
DRIZ Řešení inovačních zadání10/39drzkUVEE doc. Ing. Bohuslav Bušov, CSc.2VV  
Zkr. Název Roč. Př/Dv Uk. Zajišťuje Garant Kr. Pov. Sk.
DJA6 Angličtina pro doktorandy10/2drzkUJAZ Mgr. Petra Zmrzlá, Ph.D.4VV  
DRIZ Řešení inovačních zadání10/0drzkUVEE doc. Ing. Bohuslav Bušov, CSc.2VV  

7. Anotace předmětů

Angličtina pro doktorandyDJA62Cjletní semestrdrzkUJAZ4
Mgr. Petra Zmrzlá, Ph.D.
Kurz pro doktorandy od středně pokročilých výše. Je zaměřen na přípravu ke zkoušce, která je podmínkou ukončení doktorského studia, na prohloubení jazykových dovedností pro různé formy akademického psaní - výtah z odborného textu, formulace tezí, abstrakt,odborný článek, apod. Součástí kurzu je i rozvíjení jazykových dovedností pro komunikaci a prezentaci na akademické úrovni.
Moderní metody ve výzkumu elektrofyziologieDBT51Szimní semestrdrzkUBMI4
prof. MUDr. Marie Nováková, Ph.D.
Historie a přehled metod používaných v experimentální kardiologii. Izolované srdce perfundované podle Langendorffa a její využití pro izolaci kardiomyocytů. Metody registrace membránového napětí a proudů v různých modelech. Elektrokardiografie a měření tlaku na zvířecích modelech. Registrace monofázických akčních napětí různými metodami.
Moderní přístupy v analýze biomedicínských obrazůDBT41Szimní semestrdrzkUBMI4
doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D.
Předmět je zaměřen na problematiku registrace (lícování) obrazových dat s ukázkami aplikací především v oblasti medicíny a s tím související fůze obrazové informace. Jsou probrány základní metody a komponenty mono- a multi-modální registrace s variantami rigidní a flexibilní registrace. Studenti si dále prohloubí znalosti v oblasti texturní analýzy obrazových dat včetně problematika invariantnosti texturních příznaků.
Nové trendy v analýze a klasifikaci biomedicínských datDBT21Sletní semestrdrzkUBMI4
doc. Ing. Jiří Kozumplík, CSc.
Časově-frekvenční a časově-měřítková analýza signálů, S-transformace, empirický rozklad (EMD) signálu, Hilbertova transformace, Teagerův-Kaiserův energetický operátor (TKEO), okamžitá frekvence a obálka signálu, Hilbertova-Huangova transformace (HHT), Teagerova-Huangova transformace (THT)
Pokročilá analýza rozsáhlých genomických datDBT11Sletní semestrdrzkUBMI4
prof. Ing. Valentine Provazník, Ph.D.
Reprezentace genomických a proteomických dat. Deterministické a pravděpodobnostní modely evoluce sekvencí. Metody konstrukce rozsáhlých fylogenetických stromů. Vyhledávání motivů v genomických a proteomických sekvencích.
Pokročilé mikroskopické techniky v biologiiDBT31Szimní semestrdrzkUBMI4
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D.
Úvod do mikroskopických technik a možností jejich využití v biologii. Fluorescenční mikroskopie, barviva, jejich charakterizace a využití. Histochemické, imunohistochemické a imunofluorescenční metody. Mikroskopické metody detekce buněčných organel (jádro, jadérko, endoplazmatické retikulum, Golgiho aparát, mitochondrie, cytoskelet, lysozomy, vakuoly a ostatní membránové struktury). Mikroskopická detekce buněčných funkcí a apoptózy (programované buněčné smrti). Detekce iontů, reaktivních forem kyslíku a dusíku. Nanočástice, jejich využití v mikroskopických technikách.
Řešení inovačních zadáníDRIZletní semestrdrzkUVEE2
doc. Ing. Bohuslav Bušov, CSc.

8. Praxe

V doktorském studijním programu není povinně zahrnuta odborná praxe.

9. Státní závěrečná zkouška

Státní doktorská zkouška sestává z obhajoby tezí práce a z ústní zkoušky. Obsah zkoušky je dán zaměřením disertace a absolvovaným individuálním studijním programem.