Předmět navazuje na čištění odpadních vod. Cílem je seznámení se základními charakteristikami vody, základy hydrobiologie, druhy znečišťovatelů a jejich efekty, metodami vyhodnocení kvality vody. Předmět se zabývá podzemními vodami, povrchovými vodami a kvalitou vody ve vodních nádržích. Důležitou součástí předmětu jsou také havárie na vodách a jejich sanace, řízení kvality vody a zákonná opatření pro ochranu vod v ČR. Poslední kapitola je věnována simulačním modelům pro modelování kvality vody v recipientu (QUAL2E).