diplomová práce

Implementace nástroje pro analýzu lokálních struktur DNA

Text práce 1.21 MB Příloha 2.66 MB

Autor práce: Ing. Patrik Kaura

Ak. rok: 2018/2019

Vedoucí: prof. RNDr. Ing. Jiří Šťastný, CSc.

Oponent: doc. Ing. Oldřich Trenz, Ph.D.

Abstrakt:

Tato diplomová práce je zaměřena na popis a realizaci aplikace API wrapper, která pracuje nad výpočetním jádrem ibp bioinformatics. První polovina práce se zaměřuje na shrnutí základních znalostí z oblasti výzkumu DNA, rovněž i specifikaci problému a popisu zvolených technologií. Druhá polovina se soustředí na samotnou realizaci, distribuci a vyhodnocení použitelnosti aplikace na konkrétních sekvencích DNA.

Klíčová slova:

REST API, Python, Jupyter notebook, pypi, DNA, lokální struktury, guaninový kvadruplex

Termín obhajoby

19.6.2019

Výsledek obhajoby

obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)

znakmkaAznamka

Klasifikace

A

Průběh obhajoby

Student odprezentoval svou práci. Student odpověděl na otázky oponenta a dodatečné otázky komise.

Jazyk práce

čeština

Fakulta

Ústav

Studijní obor

Aplikovaná informatika a řízení (M-AIŘ)

Složení komise

prof. Ing. Dagmar Janáčová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Jan Chyský, CSc. (místopředseda)
prof. RNDr. Ing. Jiří Šťastný, CSc. (člen)
prof. RNDr. Ing. Miloš Šeda, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Jindřich Klapka, CSc. (člen)

Požadavky zadání a stanovené cíle této diplomové práce byly nejen splněny, ale nad rámec zadání byla provedena řada analýz, které nebyly ve stanoveném zadání vyžadovány. 
Výsledkem práce je kvalitní návrh a implementace automatizovaného nástroje pro komunikaci a řízení výpočetního jádra pro řešení analýzy lokálních struktur DNA.
Práce je přínosem pro výzkum v oblasti lokálních struktur DNA, který je řešen ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR.
Kritérium hodnocení Známka
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosažené výsledky a vyvozovat z nich závěry A
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti A
Grafická, stylistická úprava a pravopis B
Práce s literaturou včetně citací A
Samostatnost studenta při zpracování tématu A

Známka navržená vedoucím: A

Diplomová práce Bc. Patrika Kaury se zabývá návrhem a implementací analytického software pro zpracovnání hromadných analýz lokálních struktur DNA a jeho následným testováním na konkrétních sekvencích prostřednictvím vzdáleného výpočetního serveru.
Na základě požadavků a analýzy existujících pro danou oblast byla vytvořena aplikace API wrapper pro automatizovanou komunikaci a zpracování dat, která je plně funkční a splňuje veškeré stanovené požadavky.
Po formální stránce lze práci vytknout pouze některé mluvnické obraty a drobné chyby, způsobené zřejmě překlepy (např. název 3. kapitoly).
Předložená diplomová práce Bc. Patrika Kaury je plně vyčerpávající vzhledem k uvedenému zadání.
Kritérium hodnocení Známka
Splnění požadavků a cílů zadání A
Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod A
Vlastní přínos a originalita A
Schopnost interpretovat dosaž. výsledky a vyvozovat z nich závěry A
Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii A
Logické uspořádání práce a formální náležitosti B
Grafická, stylistická úprava a pravopis B
Práce s literaturou včetně citací B

Známka navržená oponentem: A