dizertační práce

Izolace a analýza DNA se zaměřením na mikroorganismy důležité v potravinářství

Text práce 4.93 MB Teze 1.21 MB

Autor práce: Ing. Michaela Čutová, Ph.D.

Ak. rok: 2019/2020

Vedoucí: doc. Mgr. Václav Brázda, Ph.D.

Oponenti: doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D., doc. RNDr. Miloslava Fojtová, Ph.D.

Abstrakt:

Identifikace bakteriální DNA se skládá z několika kroků: lyze buněk, izolace a purifikace DNA, precipitace ethanolem a identifikace bakteriálního kmene pomocí PCR, případně
i jiných molekulárně biologických metod. Každý krok musí být optimalizován. Nukleové kyseliny lze z buněk s výhodou izolovat pomocí magnetických nosičů. Molekuly DNA jsou na povrch magnetického nosiče navázány na základě elektrostatických interakcí a posléze jsou eluovány do pufru.
Cílem práce bude optimalizace jednotlivých kroků identifikace bakteriální DNA: buněčná lyze, izolace DNA, charakterizace pevných magnetických nosičů funkcionalizovaných aminoskupinami pro izolaci nukleových kyselin. Přítomnost DNA v eluátu bude ověřena pomocí gelové agarosové elektroforézy a množství eluované DNA bude stanoveno spektrofotometricky. Kvalita izolované DNA bude bude ověřena její amplifikací s použitím polymerázové řetězové reakce (PCR).
Dále je práce zaměřena na studium sekundárních struktur nukleových kyselin – křížových struktur a kvadruplexů. Tyto struktury se podílí na regulaci buněčných procesů a jejich výskyt je spojován s vývojem onkologických a neurodegenerativních onemocnění. Byla provedena analýza genomu in silico u mikroorganizmů významných v potravinářském průmyslu. Sevence genomů mikroorganismů byly získány z databáze NCBI (National Center for Biotechnology). Pro analýzu byl použit software Palindrome Analyser a G4 Hunter.

Klíčová slova:

Magnetické částice
DNA
PCR
Invertované repetice
Kvadruplexy

Termín obhajoby

5.12.2019

Výsledek obhajoby

obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)

znakmkaPznamka

Průběh obhajoby

Předsedkyně komise představila doktorandku a předala jí slovo. Ing. Čutová má již řadu pracovních zkušeností (2006–2007: IVAX Pharmaceuticals s.r.o. (TEVA) Opava, laborant, 2009–2010: BioVendor, Brno, laborant, 2014–2016: McBride Czech a.s., Brno, laborant fyzikální chemie.) Co se publikační činnosti týče, u 2 publikací ze 3 je prvním autorem. Je spoluautorkou 7 konferenčních příspěvků. Ve své powerpointové prezentaci doktorandka představila výsledky své dizertační práce. Oponenti přečetly své posudky. Oba byly kladné a doporučovaly práci k obhajobě. Oponenti položili řadu dotazů, na všechny dotazy doktorandka uspokojivým způsobem odpověděla. Otázky vzešlé z diskuze jsou bodově uvedeny na přiložených lístcích, které se archivují.

Jazyk práce

čeština

Fakulta

Ústav

Studijní program

Chemie a technologie potravin (DKCP_CHTP)

Studijní obor

Potravinářská chemie (DKCO_CHTP)

Složení komise

prof. RNDr. Ivana Márová, CSc. (předseda)
doc. Ing. Stanislav Obruča, Ph.D., oponent (člen)
doc. Ing. Pavel Diviš, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Adriána Kovalčík, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Eva Vítová, Ph.D. (člen)
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. (člen)
doc. RNDr. František Krčma, Ph.D. (člen)
doc. RNDr. Miloslava Fojtová, Ph.D., oponent (člen)

Soubor vložený vedoucím Velikost
Posudek vedoucího práce [.pdf] 305.92 kB

Soubor vložený oponentem Velikost
Posudek oponenta [.pdf] 195.08 kB

Posudek oponenta
doc. RNDr. Miloslava Fojtová, Ph.D.

Soubor vložený oponentem Velikost
Posudek oponenta [.pdf] 261.95 kB