dizertační práce

Transkriptomická charakterizace pomocí analýzy RNA-Seq dat

Hlavní dokument 306.44 kB

FEKTdizertační práceStudent: Layal Abo KhayalAk. rok: 2017/2018

Vedoucí: prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D.

Oponenti: Oponent bude zobrazen po zveřejnění jeho hodnocení.

Vysoce výkonné sekvenční technologie produkují obrovské množství dat, která mohou odhalit nové geny, identifikovat splice varianty a kvantifikovat genovou expresi v celém genomu. Objem a složitost dat z RNA-seq experimentů vyžadují škálovatelné metody matematické analýzy založené na robustníchstatistických modelech. Je náročné navrhnout integrované pracovní postupy, které zahrnují různé postupy analýzy. Konkrétně jsou to srovnávací testy transkriptů, které jsou komplikovány několika zdroji variability měření a představují řadu statistických problémů. V tomto výzkumu byla sestavena integrovaná transkripční profilová pipeline k produkci nových reprodukovatelných kódů pro získání biologicky interpretovovatelných výsledků. Počínaje anotací údajů RNA-seq a hodnocení kvality je navržen soubor kódů, který slouží pro vizualizaci hodnocení kvality, potřebné pro zajištění RNA-Seq experimentu s analýzou dat. Dále je provedena komplexní diferenciální analýza genových expresí, která poskytuje popisné metody pro testované RNA-Seq data. Pro implementaci analýzy alternativního sestřihu a diferenciálních exonů jsme zlepšili výkon DEXSeq definováním otevřeného čtecího rámce exonového regionu, který se používá alternativně. Dále je popsána nová metodologie pro analýzu diferenciálně exprimované dlouhé nekódující RNA nalezením funkční korelace této RNA se sousedícími diferenciálně exprimovanými geny kódujícími proteiny. Takto je získán jasnější pohled na regulační mechanismus a poskytnuta hypotéza o úloze dlouhé nekódující RNA v regulaci genové exprese.

Jazyk

angličtina

Stav

odevzdáno (práce byla fyzicky odevzdána studentem, bude později ohodnocena a na základě hodnocení podstoupena obhajobě)

Fakulta

Ústav

Obor studia

Biomedicínská elektronika a biokybernetika (PK-BEB)

Klíčová slova

RNA-Seq, diferenciální genová exprese (DGE), alternativní splicing, diferenciální použití exonů (DEU), dlouhá nekódující RNA (lncRNA)

Důvod utajení

Zveřejnění disertační je v souladu s ustanovením § 47b odst. 4 zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách, odloženo. Důvodem odložení zveřejnění je skutečnost, že disertační obsahuje informace chráněné zvláštními právními předpisy (např. z.č. 527/1990 Sb. O vynálezech a zlepšovacích návrzích).