dizertační práce

Transkriptomická charakterizace pomocí analýzy RNA-Seq dat

FEKTdizertační práceStudent: Layal Abo KhayalAk. rok: 2017/2018

Vedoucí: prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D.

Oponenti: prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D., Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Vysoce výkonné sekvenční technologie produkují obrovské množství dat, která mohou odhalit nové geny, identifikovat splice varianty a kvantifikovat genovou expresi v celém genomu. Objem a složitost dat z RNA-seq experimentů vyžadují škálovatelné metody matematické analýzy založené na robustníchstatistických modelech. Je náročné navrhnout integrované pracovní postupy, které zahrnují různé postupy analýzy. Konkrétně jsou to srovnávací testy transkriptů, které jsou komplikovány několika zdroji variability měření a představují řadu statistických problémů. V tomto výzkumu byla sestavena integrovaná transkripční profilová pipeline k produkci nových reprodukovatelných kódů pro získání biologicky interpretovovatelných výsledků. Počínaje anotací údajů RNA-seq a hodnocení kvality je navržen soubor kódů, který slouží pro vizualizaci hodnocení kvality, potřebné pro zajištění RNA-Seq experimentu s analýzou dat. Dále je provedena komplexní diferenciální analýza genových expresí, která poskytuje popisné metody pro testované RNA-Seq data. Pro implementaci analýzy alternativního sestřihu a diferenciálních exonů jsme zlepšili výkon DEXSeq definováním otevřeného čtecího rámce exonového regionu, který se používá alternativně. Dále je popsána nová metodologie pro analýzu diferenciálně exprimované dlouhé nekódující RNA nalezením funkční korelace této RNA se sousedícími diferenciálně exprimovanými geny kódujícími proteiny. Takto je získán jasnější pohled na regulační mechanismus a poskytnuta hypotéza o úloze dlouhé nekódující RNA v regulaci genové exprese.

Jazyk

angličtina

Stav

obhájeno (práce byla úspěšně obhájena)

Hodnocení známka

P

Fakulta

Ústav

Obor studia

Biomedicínská elektronika a biokybernetika (PK-BEB)

Hodnocení vedoucího
prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D.

Dissertation thesis Layal Abo Khayal is focused on the field of high-throughput sequence technologies that produce a massive amount of data to reveal new genes, identify splice variants, and quantify gene expression genome-wide. Based on the presented work, I can state that the author fulfilled the goals set in the dissertation thesis and achieved remarkable results in the field of development of methods for analysis of large volumes of data from RNA-Seq experiments. I consider as essential that the author found and validated a robust computational pipeline that improves results of existing tools. Most of her dissertation was developed during her stay at Charité – Universitätsmedizin Berlin in the past three years.
Layal Abo Khayal started her PhD study in 2010 and oriented to design and validation of intelligent methods, algorithms and pipelines for data processing and visualization in bioinformatics. She worked actively and aimed to achieve important results in bioinformatics. Based on her results, she was supported by South Moravian Centre For International Mobility during her study. Layal worked actively throughout her PhD studies and demonstrated the ability to develop independent creative work, including the ability to present the results. She achieved valuable results in the form of quality publications, including the publication of the core of the dissertation in an article in an impacted journal. I also appreciate the thorough and critical approach to evaluating her own results and trying to maximize verification through numerous in silico experiments, even though this prolonged finalization of her dissertation. I am convinced that Layal has developed a valuable dissertation and has reached the scientific level needed to award the Doctor degree.



viz příloha pdf



Soubor vložený oponentem Velikost
Posudek oponenta [.pdf] 988.95 kB

Hodnocení oponenta
Ing. Matej Lexa, Ph.D.

viz příloha pdf



Soubor vložený oponentem Velikost
Posudek oponenta [.pdf] 654.4 kB

Klíčová slova

RNA-Seq, diferenciální genová exprese (DGE), alternativní splicing, diferenciální použití exonů (DEU), dlouhá nekódující RNA (lncRNA)

Důvod utajení

Zveřejnění disertační je v souladu s ustanovením § 47b odst. 4 zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách, odloženo. Důvodem odložení zveřejnění je skutečnost, že disertační obsahuje informace chráněné zvláštními právními předpisy (např. z.č. 527/1990 Sb. O vynálezech a zlepšovacích návrzích).