Detail předmětu

Praktikum z molekulární biotechnologie

FCH-MCO_MOB_PPovinně volitelnýMagisterský navazující (druhý cyklus)Ak. rok: 2017/2018Zimní semestr1. ročník2  kredity

Kurs je zaměřen na praktické zvládnutí metody polymerázové řetězové reakce (PCR) při identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj). DNA v kvalitě vhodné pro PCR je izolována z mléčného výrobku pomocí magnetických částic. Po ověření koncentrace a kvality DNA jsou připraveny směsi pro PCR a DNA je amplifikována v konvenční PCR a v PCR v reálném čase. Součástí kursu je vypracování protokolů formou posterů.

Výsledky učení předmětu

Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA.

Prerekvizity

Je doporučené souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Doporučená nebo povinná literatura

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)
Sambrook F., Russell R. W.: Molecular Cloning. A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001. (CS)

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Výuka předmětu je realizována formou blokové výuky v rámci 4 úloh. Výuka probíhá vždy 6 výukových hodin jednou za 14 dní. Součástí vyučování je jedna úvodní a závěrečná hodina.
Celková časová náročnost výuky je 26 hodin za semestr.
Vyučujícím a studentům je k dispozici e-learningový systém LMS Moodle.

Způsob a kritéria hodnocení

Praktikum je ukončeno testem a kontrolou protokolů.

Jazyk výuky

čeština

Osnovy výuky

1. Bezpečnost práce. Uspořádání PCR laboratoře. Pipetování malých objemů.
2. Kultivace buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Vypracování protokolu formou posteru.
3. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Příprava negativní kontroly. Provedení PCR reakce. Detekce produktů PCR pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplikonu pomocí standardu s využitím programu Bionumerics. Vypracování protokolu formou posteru.
4. Izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk mléčného výrobku (probiotického nápoje) s využitím magnetických částic P (HEMA-co-GMA). Amplifikace DNA pomocí PCR v reálném čase. Vypracování protokolu formou posteru.
5. Seznámení se základy bioinformatiky ve formě přednášky a praktického procvičení na PC.
6. Test a kontrola protokolů.

Cíl

Cílem praktika je praktické zvládnutí základních technik práce s DNA, zejména její amplifikace v PCR. Dalším cílem je zvládnutí přípravy posteru.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Účast v praktiku je povinná.

Typ (způsob) výuky

 

eLearning