Detail předmětu

Pokročilá analýza rozsáhlých genomických dat

FEKT-DBT1Ak. rok: 2019/2020

Reprezentace genomických a proteomických dat. Deterministické a pravděpodobnostní modely evoluce sekvencí. Metody konstrukce rozsáhlých fylogenetických stromů. Vyhledávání motivů v genomických a proteomických sekvencích.

Výsledky učení předmětu

Absolvováním předmětu by posluchači měli získat podrobný přehled v oblasti pokročilých bioinformatických metod. Budou znát principy metod pro reprezentaci, rekonstrukci a vyhledávání genomických a proteomických sekvencí. Dále získají přehled o aktuálním stavu vědy v těchto oblastech včetně aplikací.

Prerekvizity

Základy molekulární biologie. Základy bioinformatiky a zpracování biologických sekvencí.

Doporučená nebo povinná literatura

Snustad, D. P., Simmons, M. J. Genetika. Nakladatelství Masarykovy univerzity, Brno, 2009.
Higgs, P. G., Attwood, T. K. Bioinformatics and Molecular Evolution. Blackwell Publishing, 2005.
Yang, Z. Computational Molecular Evolution. Oxford University Press, 2006.
Mandoiu, I. I., Zelikovski, A. Bioinformatics Algorithms. A John Wiley Publishing, 2008.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Metody vyučování zahrnují přednášky, cvičení na počítači a laboratoře. Předmět využívá e-learning (Moodle). Student odevzdává jeden samostatný projekt.

Způsob a kritéria hodnocení

Hodnocení předmětu je každoročně aktualizováno vyhláškou garanta.

Jazyk výuky

čeština

Osnovy výuky

1. Principy reprezentace genomických dat.
2. Deterministické vyjádření sekvencí v prostoru.
3. Teorie fraktálů v reprezentaci sekvencí.
4. Deterministické modely evoluce sekvencí.
5. Pravděpodobnostní modely evoluce sekvencí.
6. Pokročilé principy fylogenetiky.
7. Metody konstrukce rozsáhlých fylogenetických stromů.
8. Kvalita ve fylogenetice.
9. Principy reprezentace proteomických dat.
10. Pokročilé kódování proteomických dat.
11. Vyhledávání motivů v genomických a proteomických sekvencích.

Cíl

Cílem předmětu je poskytnout přehled o aktuálních tématech v oblasti zpracování biologických sekvencí se zaměřením na determnistické a pravděpodobnostní metody.

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program BTB-PP doktorský

    obor PP-BTB , 1. ročník, letní semestr, 4 kredity, volitelný oborový

  • Program BTB-PK doktorský

    obor PK-BTB , 1. ročník, letní semestr, 4 kredity, volitelný oborový

Typ (způsob) výuky

 

Seminář

39 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor