Analýza nukleotidových denzit jako metoda pro identifikaci organismů

Analysis of nucleotide density vectors as method for identification of organisms

conference paper

Czech

Přesná, rychlá a levná identifikace organismů je stále nedostupná. Kvalifikovaných taxonomů je málo a jsou úzce specializovaní. Pro svoji práci potřebují pokud možno celý organismu. O identifikaci organismu jen z drobného tkáňového vzorku se snaží molekulární biologové. DNA barcoding je iniciativa zahrnující sběr, uchovávání a zpracování sekvencí mitochondriálních genů vhodných pro identifikaci organismů. Pro živočichy se jako nejvhodnější jeví část genu cytochrom c oxidázy podjednotky 1. K identifikaci standardně používané fylogenetické či statistické metody nedávají vždy uspokojivé výsledky. Námi navržená metoda založená na porovnání nukleotidových denzit zkoumané sekvence s referenčními sekvencemi byla otestována na souboru dat různých skupin organismů, jako jsou bezobratlí, ryby, obojživelníci, ptáci i savci. V drtivé většině případů bylo dosaženo 100,0 % účinnosti klasifikace do referenčních druhů, a pokud analyzovaná sekvence nepatřila k druhům obsaženým v referenční databázi, byla s vysokou pravděpodobností zařazena k nejbližšímu příbuznému druhu.

Accurate, quick, and cheap identification of organism is still unavailable. There is lack of qualified taxonomists. Whole and preferably intact organism is needed for their work. Molecular biologists are developing methods for identification of organisms through analysis of their genomes or proteoms from small tissue sample. DNA barcoding is worldwide initiative for collecting, storing and analyzing of mitochondrial genes suitable of species identification. Gene cytochrome c oxidase subunit 1 is considered to be appropriate for animals identification. Our proposed method based on comparison of analyzed sequence nucleotide density with reference densities was tested on datasets from different groups of organisms like caddis flies, fish, amphibians, birds, and mammals. In most cases, the identification efficiency was 100.00 %. If the analyzed sequence did not belong to reference species it was identified as relative species with high probability.

Molekulární fylogenetika, identifikace organismů, nukleotidová denzita

Molecular phylogenetic, species identification, nucleotide density

MADĚRÁNKOVÁ, D.

2013

20. 11. 2013

Brno

978-80-214-4814-8

Nové směry v biomedicínském inženýrství

1

8

13

6