Product detail

PhylogenTree Analyzer

VADJÁK, Š. ŠKUTKOVÁ, H. SEDLÁŘ, K. KOŠČOVÁ, P. PROVAZNÍK, I.

Product type

software

Abstract

Software opatřen uživatelským rozhraním umožňující ze souboru biologických sekvencí ve FASTA souboru vykreslit a analyzovat fylogenetický strom na základě nastavitelných parametrů (statistická metoda, distanční model, skórovací matice, počet replikací, počet aktivních sekvencí). Veškeré fylogenetické stromy, či analýzy založené na nich, jsou konstruovány pomocí metody Neighbor-Joining. Využívanými statistickými metodami jsou Bootstrapping, Jackknifing, OTU Jackknifing, permutation tail probability test.

Keywords

fylogenetický strom, substituční matice, skórovací matice, distanční matice, evoluční model, Neighbor-Joining, Bootstrapping, Jackknifing, PTP test, Permutation Tail Probability, OTU jackknifing, resampling tests

Create date

31.10.2014

Location

Ústav biomedicínksého inženýrství, FEKT VUT v Brně Technická 12 616 00 Brno

www

Documents