Product detail

BLAST Sequence Analyzer

VADJÁK, Š. SEDLÁŘ, K. KOŠČOVÁ, P. PROVAZNÍK, I.

Product type

software

Abstract

Software pro vizualizaci a úpravu sekvenovaných dat ve formátu *.scf. Program umožňuje načíst a porovnávat sekvenované nukleotidové sekvence z více běhů. Na základě těchto dat je sestavena konsensuální sekvence. Pomocí nástroje BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) jsou z databáze ncbi následně načteny sekvence, které jsou konsensu nejpodobnější. Uživatel má možnost prohlížet si interaktivně také flowgramy sekvenovaných dat. Na základě těchto informací může uživatel provádět editaci konsensuální sekvence. Výsledky editace včetně informací o nalezené BLAST sekvenci si poté může uživatel uložit ve formátu *.txt.

Keywords

scf, sekvenování, konsensus, BLAST, flowgram

Create date

30.10.2014

Location

Ústav biomedicínksého inženýrství, FEKT VUT v Brně Technická 12 616 00 Brno

www

Documents