prof. Mgr.

Jiří Damborský

Dr.

FEEC, UMEL – External Cooperator

Send BUT message

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Publications

  • 2021

    BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J.; HON, J.; PROKOP, Z. Functional Annotation of an Enzyme Family by Integrated Strategy Combining Bioinformatics with Microanalytical and Microfluidic Technologies. ACS Catalysis, 2021, p. 0-0. ISSN: 2155-5435.
    Detail | WWW

    MARQUES, S.; DAMBORSKÝ, J.; MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; BEDNÁŘ, D. Computational design of enzymes for biotechnological applications. BIOTECHNOLOGY ADVANCES, 2021, vol. 47, no. 1, p. 1-22. ISSN: 0734-9750.
    Detail | WWW

    HON, J.; MARUŠIAK, M.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J.; KUNKA, A.; ZENDULKA, J. SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli. BIOINFORMATICS, 2021, vol. 37, no. 1, p. 23-28. ISSN: 1367-4803.
    Detail | WWW

    KHAN, R.; MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols in Bioinformatics, 2021, vol. 1, no. 2, p. 1-5. ISSN: 1934-3396.
    Detail | WWW

  • 2020

    ŠTOURAČ, J.; DÚBRAVA, J.; MUSIL, M.; HORÁČKOVÁ, J.; MAZURENKO, S.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D. FireProtDB: Database of Manually Curated Protein Stability Data. Nucleic Acids Research, 2020, vol. 49, no. 1, p. 319-324. ISSN: 1362-4962.
    Detail | WWW

    MUSIL, M.; KHAN, R.; BEIER, A.; ŠTOURAČ, J.; KONEGGER, H.; DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D. FireProtASR: Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 2020, vol. 0000, no. 0000, p. 1-11. ISSN: 1467-5463.
    Detail | WWW

    HON, J.; BORKO, S.; ŠTOURAČ, J.; PROKOP, Z.; BEDNÁŘ, D.; ZENDULKA, J.; MARTÍNEK, T.; DAMBORSKÝ, J. EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities. Nucleic Acids Research, 2020, vol. 48, no. 1, p. 104-109. ISSN: 1362-4962.
    Detail | WWW

  • 2019

    SUMBALOVÁ, L.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. Prediction of Critical Residues in Protein Structures using Amino Acid Networks. ISMB/ECCB 2019. Basilej: 2019. p. 0-0.
    Detail

    MUSIL, M.; KONEGGER, H.; ŠTOURAČ, J.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. FireProtASR: an automated woRKFLOW FOR ANCESTRAL SEQUENCE RECONSTRUCTION. ISMB/ECCB 2019. Basilej: 2019. p. 0-0.
    Detail | WWW

    HON, J.; BORKO, S.; MARUŠIAK, M.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. EnzymeMiner: Web Server for Automated Mining and Annotation of Soluble Enzymes in Genomic Databases. ISMB/ECCB 2019. Basilej: 2019. p. 0-0.
    Detail

    MUSIL, M.; KONEGGER, H.; HON, J.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts. ACS Catalysis, 2019, vol. 9, no. 2, p. 1033-1054. ISSN: 2155-5435.
    Detail | WWW

    KNOZ, M.; LIPOVÝ, B.; HOLOUBEK, J.; ŽÍDEK, J.; MUCHOVÁ, J.; PAVLIŇÁKOVÁ, V.; ŠTĚPÁNKOVÁ, V.; PAVLOVSKÝ, Z.; FALDYNA, M.; GÖPFERT, E.; DAMBORSKÝ, J.; HEARNDEN, V.; VOJTOVÁ, L. Bilaminární kožní dermální náhrada: Vliv stabilního FGF2 na kapilární denzitu sledovanou pomocí modelů ex-ovo a in vivo. XI. mezinárodní konference Bioimplantologie 2019. Brno: MSD, spol. s.r.o., 2019. p. 49-49. ISBN: 978-80-7392-307-5.
    Detail

  • 2018

    DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D.; KUNKA, A.; MAZURENKO, S.; NEDELJKOVIĆ, S.; PROKOP, Z.; ŠTOURAČ, J. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research, 2018, vol. 46, no. 1, p. 344-349. ISSN: 1362-4962.
    Detail | WWW

    KNOZ, M.; VOJTOVÁ, L.; LIPOVÝ, B.; HOLOUBEK, J.; BABRNÁKOVÁ, J.; PAVLIŇÁKOVÁ, V.; VIŠTEJNOVÁ, L.; ŠTĚPÁNKOVÁ, V.; FILOVA, E.; PAVLOVSKÝ, Z.; FALDYNA, M.; GÖPFERT, E.; DAMBORSKÝ, J.; HEARNDEN, V. Vývoj biopolymerní nanostrukturované dermální náhrady: Ex ovo a in vivo studie. Bioimplantologie 2018 - sborník abstrakt. Barbara Kubešová, Daniel Lysák, Tomáš Suchý, Petr Vališ, Lucie Vištejnová, Lucy Vojtová. Brno: České vysoké učení technické v Praze, 2018. p. 33-33. ISBN: 978-80-01-06425-2.
    Detail

    HON, J.; MARUŠIAK, M.; MARTÍNEK, T.; ZENDULKA, J.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. SoluProt: Prediction of Protein Solubility. In DAZ & WIKT 2018 Proceedings. Brno: Brno University of Technology, 2018. p. 261-265. ISBN: 978-80-214-5679-2.
    Detail | WWW

    VOJTOVÁ, L.; BABRNÁKOVÁ, J.; PAVLIŇÁKOVÁ, V.; VIŠTEJNOVÁ, L.; ŠTĚPÁNKOVÁ, V.; FILOVA, E.; BLAHNOVÁ, V.; KNOZ, M.; LIPOVÝ, B.; HOLOUBEK, J.; PAVLOVSKÝ, Z.; FALDYNA, M.; GÖPFERT, E.; DAMBORSKÝ, J.; HEARNDEN, V. Biocompatibility and regenerative abilities of resorbable nanostructured bilayer skin replacement evaluated by small and large animal model. Barcelona: Scientific Federation, 2018. p. 23-23.
    Detail

    VOJTOVÁ, L.; PAVLIŇÁKOVÁ, V.; BABRNÁKOVÁ, J.; VIŠTEJNOVÁ, L.; ŠTĚPÁNKOVÁ, V.; FILOVA, E.; KNOZ, M.; LIPOVÝ, B.; HOLOUBEK, J.; PAVLOVSKÝ, Z.; FALDYNA, M.; GÖPFERT, E.; DAMBORSKÝ, J.; HEARNDEN, V. The Effect of Bioactive Additives on Morphology and Biological Properties of Collagen-Based Nanostructured Resorbable Skin Substitutes. 7th Meeting on Chemistry and Life 2018. Book of abstracts. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2018. p. 129-129. ISBN: 978-80-214-5488-0.
    Detail

    SUMBALOVÁ, L.; ŠTOURAČ, J.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. HotSpot Wizard 3.0: Web Server for Automated Design of Mutations and Smart Libraries based on Sequence Input Information. Nucleic Acids Research, 2018, vol. 46, no. 1, p. 356-362. ISSN: 1362-4962.
    Detail | WWW

    BEERENS, K.; MAZURENKO, S.; KUNKA, A.; MARQUES, S.; HANSEN, N.; MUSIL, M.; CHALOUPKOVÁ, R.; WATERMAN, J.; BREZOVSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D.; PROKOP, Z.; DAMBORSKÝ, J. Evolutionary Analysis is a Powerful Complement to Energy Calculations Allowing Entropy-Driven Stabilization. ACS Catalysis, 2018, vol. 2018, no. 8, p. 9420-9428. ISSN: 2155-5435.
    Detail | WWW

    DAMBORSKÝ, J.; BEDNÁŘ, D.; KUNKA, A.; MAZURENKO, S.; NEDELJKOVIĆ, S.; PROKOP, Z.; ŠTOURAČ, J. CalFitter: A web server for analysis of protein thermal denaturation data. FEBS OPEN BIO. FEBS Open Bio. Hoboken: 2018. p. 404-404. ISSN: 2211-5463.
    Detail

  • 2017

    VOJTOVÁ, L.; KNOZ, M.; LIPOVÝ, B.; FALDYNA, M.; GÖPFERT, E.; ŠTĚPÁNKOVÁ, V.; HOLOUBEK, J.; PAVLIŇÁKOVÁ, V.; BABRNÁKOVÁ, J.; PAVLOVSKÝ, Z.; PROSECKÁ, E.; PLENCNER, M.; FILOVA, E.; KUBEŠOVÁ, B.; HEARNDEN, V.; DAMBORSKÝ, J. Vliv růstových faktorů na biologickou aktivitu nanostrukturovaných vstřebatelných kožních náhrad: in-vitro a in-vivo experimentální studie. Brno: Symma, spol. s r.o., 2017. p. 59-59.
    Detail | WWW

    MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; BENDL, J.; BREZOVSKÝ, J.; PROKOP, Z.; ZENDULKA, J.; MARTÍNEK, T.; BEDNÁŘ, D.; DAMBORSKÝ, J. FireProt: web server for automated design of thermostable proteins. Nucleic Acids Research, 2017, vol. 45, no. 1, p. 393-399. ISSN: 1362-4962.
    Detail

  • 2016

    BENDL, J.; MUSIL, M.; ŠTOURAČ, J.; ZENDULKA, J.; DAMBORSKÝ, J.; BREZOVSKÝ, J. PredictSNP2: A unified platform for accurately evaluating SNP effects by exploiting the different characteristics of variants in distinct genomic regions. PLoS Computational Biology, 2016, vol. 12, no. 5, p. 1-18. ISSN: 1553-7358.
    Detail | WWW

    BENDL, J.; ŠTOURAČ, J.; ŠEBESTOVÁ, E.; VÁVRA, O.; MUSIL, M.; BREZOVSKÝ, J.; DAMBORSKÝ, J. HotSpot Wizard 2.0: Automated Design of Site-specific Mutations and Smart Libraries in Protein Engineering. Nucleic Acids Research, 2016, vol. 44, no. 1, p. 479-487. ISSN: 1362-4962.
    Detail | WWW

  • 2015

    BEDNÁŘ, D.; BEERENS, K.; ŠEBESTOVÁ, E.; BENDL, J.; KHARE, S.; CHALOUPKOVÁ, R.; PROKOP, Z.; BREZOVSKÝ, J.; BAKER, D.; DAMBORSKÝ, J. FireProt:Energy- and evolution-based computational design of thermostable multiple-point mutants. PLoS Computational Biology, 2015, vol. 11, no. 11, p. 1-20. ISSN: 1553-7358.
    Detail | WWW

  • 2014

    BENDL, J.; ŠTOURAČ, J.; ŠALANDA, O.; PAVELKA, A.; WIEBEN, E.; ZENDULKA, J.; BREZOVSKÝ, J.; DAMBORSKÝ, J. PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations. PLoS Computational Biology, 2014, vol. 10, no. 1, p. 1-11. ISSN: 1553-7358.
    Detail | WWW

    KURUMBANG, N.; DVOŘÁK, P.; BENDL, J.; BREZOVSKÝ, J.; PROKOP, Z.; DAMBORSKÝ, J. Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant. ACS Synthetic Biology, 2014, vol. 3, no. 3, p. 172-181. ISSN: 2161-5063.
    Detail | WWW

    DVOŘÁK, P.; KURUMBANG, N.; BENDL, J.; BREZOVSKÝ, J.; PROKOP, Z.; DAMBORSKÝ, J. Maximizing the Efficiency of Multi-enzyme Process by Stoichiometry Optimization. CHEMBIOCHEM, 2014, vol. 15, no. 13, p. 1891-1895. ISSN: 1439-4227.
    Detail | WWW

*) Publications are generated once a 24 hours.