Detail předmětu

Praktikum z molekulární biotechnologie

FCH-MC_MOB_PAk. rok: 2015/2016

Kurs je zaměřen na praktické zvládnutí metody polymerázové řetězové reakce při identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj). DNA v kvalitě vhodné pro PCR je izolována z mléčného výrobku pomocí magnetických částic. Po ověření koncentrace a kvality DNA jsou připraveny směsi pro PCR a DNA je amplifikována v konvenční PCR a v PCR v reálném čase. Součástí kursu je vypracování čtyř protokolů formou posterů.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

2

Garant předmětu

doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Zajišťuje ústav

Ústav chemie potravin a biotechnologií (ÚCHPBT)

Výsledky učení předmětu

Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA

Prerekvizity

Je nutné souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Plánované vzdělávací činnosti a výukové metody

Výuka předmětu je realizována formou: Laboratorní cvičení - 2 vyučovací hodiny týdně. Vyučujícím a studentům je k dispozici e-learningový systém LMS Moodle.

Způsob a kritéria hodnocení

Praktikum je ukončeno zápočtem - identifikace BMK pomocí PCR

Osnovy výuky

1. Uspořádání PCR laboratoře. Bezpečnost práce. Pipetování malých objemů.
2. Kultivace buněk Lactobacillus casei pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury.
3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu.
4. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem.
5. Ověření intaktnosti DNA pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu.
6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA.
7. Příprava PCR směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Negativní kontrola.
8. Provedení PCR reakce.
9. Detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy na agaróze.
10. Výpočet délky amplifikonu pomocí standardů a programu Bionumerics.
11. Izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk mléčného výrobku (probiotického nápoje) metodou magnetické separace s využitím magnetických částic P (HEMA-co-GMA).
12. Amplifikace DNA Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj) pomocí PCR v reálném čase.
13. Test a kontrola protokolů.

Učební cíle

Cílem praktika je praktické zvládnutí základních technik práce s DNA, zejména její amplifikace v PCR. Dalším cílem je zvládnutí přípravy posteru.

Vymezení kontrolované výuky a způsob jejího provádění a formy nahrazování zameškané výuky

Účast v praktiku je povinná.

Základní literatura

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program NPCP_CHTP magisterský navazující

    obor NPCO_CHTP , 1. ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program NKCP_CHTP magisterský navazující

    obor NKCO_CHTP , 1. ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program CKCP_CZV celoživotní vzdělávání (není studentem)

    obor CKCO_CZV , 1. ročník, zimní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Laboratorní cvičení

26 hod., povinná

Vyučující / Lektor

RNDr. Aleš Kovařík, CSc.
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ing. Štěpánka Trachtová, Ph.D.